Durante estos 10 años de andadura, el Museo se ha centrado en la alternancia de exposiciones temporales de distinta índole, pero siempre bajo el carácter marítimo.
Decenas de exposiciones tales como: Titanic, Puertos del Estado, Historia de un olvido, Shackleton, Los barcos de Playmobil.... Con esta rotación de exposiciones el Museo ha querido ofrecer distintos aspectos marítimos no sólo para abarcar distintas temáticas, sino para acercar el museo a todo tipo de público. Además el Museo ha establecido el "Programa de Grandes Veleros", con el que establece relaciones con embarcaciones de diferentes países invitándoles a que nos visiten y puedan ser visitables por el gran público.
Con estas actividades y las promovidas por el área didáctica y la de eventos, el museo ha conseguido ser uno de los más visitados de Bizkaia.