Gurutzetako Ospitalearen Ikerkuntza Unitateak (IU) 1993. urtean, Osasun eta Kontsumo Ministerioaren Osasun Ikerkuntzen Funtsaren (OIF) behin-betiko akreditazioa jaso zuen.
Egitura aldetik, Molekula-Genetikako Laborategia, Biriketako Fisiopatologiako Laborategia, Zelula Ametako eta Zelula-Kulturako laborategia, Estabularioa duen Operazio-gela Esperimentala, Epidemiologia Klinikoko Unitatea eta Entsegu Klinikoen Idazkaritza Teknikoa, dira unitatea osatzen dutenak. Unitate honek, ikerkuntza kliniko-epidemiologikoa eta oinarrizko ikerkuntza egin nahian, ikerkuntzaren %50 OIF bidez eta Eusko Jaurlaritzako Osasun Sailak finantzatuta egiten du.
IU-ren instalazioetan zuzenean egiten den ikerkuntzaz gain, asistentzia-zerbitzu eta ospitaleko laguntza-zerbitzuen barruan ikerkuntza klinikoko talde asko dago. Horiek ere IU-aren zati funtzionala osatzen dutelarik.
Ospitalea 150 entsegu klinikoetan parte hartzen ari da, industria farmazeutikoak, sozietate zientifikoek eta ikerkuntzako kolaborazio-taldeek sustatutako 150 entsegu-klinikoetan, alegia.
Ospitalea Carlos III Osasun Institutuak zuzentzen duen Sarean dagoen Ikerkuntza Biomedikoaren Laguntzako Partzuergoaren kidea da. Partzuergoak osasun-sistemaren ikerkuntzaren laguntza-egiturak sustatu nahi ditu, diziplina nahiz zentro askotako plataforma handi bat sortzeko helburuarekin.
Ospitaleak beste osasun-zentroekin eta bere inguru akademiko, zientifiko eta teknologikoekin egiten duen elkarlana kolaborazio akordio eta hitzarmen ezberdinei esker burutzen da. Osasun Sailak ikerkuntza eta berrikuntza Euskadiko osasun-sisteman bultzatzeko asmoz ari da lanean.
Ekintza osagarri guzti horien helburu nagusia Gurutzetako Ospitalean eginiko ikerkuntzaren kantitatea eta kalitatea handitzea da.