Vuelto a España, Ciro siguió viajando y escribiendo. Entre otras obras editó Alcalifú, sobre la Argentina de Rosas. Editó también La Colombiana, El vellocino de oro, Los césares en la Patagonia, La leyenda del estrecho de Magallanes, El peregrino entretenido, El romancerillo del Plata y Lazarillo español, guía de vagos en tierras de España por un peregrino industrioso, Vocabulario criollo-español (1910), etc.; en 1911 el título de uno de sus libros, Peregrino de Indias atestigua no sólo su vocación andariega y artística sino sus aptitudes como geógrafo, antropólogo e historiador.
Nunca reclamó dinero a los editores y tuvo una vejez pobre y solitaria. En 1927 fue ingresado en el internado para desvalidos del Instituto Cervantes. En 1935 apareció su última obra La reina del Chaco. Ciego, murió en el Hospital General de Madrid el 4 de julio de 1939.
Nunca quiso retratarse y, cuando se le pidió un retrato para ilustrar su semblanza en la enciclopedia Espasa, mandó uno de su padre. Tanto Pío Baroja como su sobrino Julio Caro Baroja, lo pintaron a pluma. "Era alto, flaco, esbelto. Era un solitario que no necesitaba de nadie, según decía él", escribe Pío en noviembre de 1942 para La Nación de Buenos Aires. Treinta años después, Caro Baroja al recordar a ese "escritor aventurero", que se hallaba en la sesentena, añade:
"La cara correcta e inexpresiva, recordaba la de algunos coroneles retirados de la época, con su bigote blanco recortado y cierta sequedad de líneas. Los ojos, tiernos y marchitos, anunciaban por algo de lagrimeo un principio de cataratas, que al fin le dejaron sumido en la ceguera".