Azpeitiko Ikastolaren sorrera aztertzerakoan, 1993ko Legea atera aurretik izandako zenbait une garrantzitsu aipatu beharra dago. Hauen artean Ikastolen I. Batzar Nazionala, norabide politikoa jarri zuena. Iruñean egindako saioan 144 ikastoletako 474 partaide bildu ziren, eta han euskal eskolari buruzko eztabaidari amaiera eman zioten, Euskal Eskola proiektua eta Gutun Programatikoa gehiengo osoz onetsiz. Batzar honek Euskal Eskola Publikoaren eztabaidari erantzun nahi izan zion eta baita Euskal Herriak berak izan beharreko eskola zehaztu, euskal hezkuntza sistema oso baten diseinua eginez. Proiektu honen ekarpenetako bat elkarbanatutako titulartasun kontzeptua izan zen, hots, bazkideek eta administrazioak osatuko zuten titulartasuna. 1992ko otsailean, Iruñean, II. Batzar Nagusia egin zen, Ikastolen norabide estrategikoa zehaztuz. Legea onartu ondoren ikastolen mugimenduak bi batzar ezohiko burutu zituen Gasteizko Armentia ikastolan.
Bestaldetik Gobernuak ere, Hezkuntza Saila, urratsak ematen ari zen eta 1991ko bukaerarako PSE-PSOEk hitzartuta zeukan EAJrekin Euskal Eskola Publikoaren Legea legealdi horretan egin behar zela eta gainera eskola publikoaren orduko eredua ardatz hartuta. Bistan denez, publiko edo pribatu hautua erabakitzeko iristear zegoen, horrela 1992an 1992ko urtarriletik ekin zion bere egitasmoa betetzeari: zirriborroa martxan zegoen eskola publiko ereduan oinarrituta zegoen. 1992ko ekainaren 16an Eskola Ituna sinatu zuten EAJk eta PSE-PSOE. 1993ko otsailaren 19an Euskal Eskola Publikoari buruzko Legearen Proiektua onartu zuen Eusko Legebiltzarrak. Legea onartuta hiru hileko epea zegoen, maiatzak 25era arte, sare publikora pasatu edo ikastola bezala jarraitu erabakitzeko.
Euskal Eskola Publikoari buruzko Legeak eztabaida ekarri zuen Azkoitia-Azpeitia eta Zestoako Ikastoletara, Izarraizpe Kooperatibara. Eztabaidarako epe laburra, plangintza ekonomikoen datu kontrajarriak, Administrazioaren presioa, Hezkuntza Saila eta Ikastolen Federazioaren arteko negoziazioei buruzko zalantzak eta iluntasunak, presio politikoak publiko eta pribatu zaleen, bazkideen, arteko eztabaidak ...
Inoizko batzar jendetsuenak eta parte-hartzaileenak egin ziren 1993hartan, batzarrak egiteko aretoak txiki gelditu ziren. Gatazkak larria izan zen eskualdean. Azpeitian bereziki, bertakoak baitziren publifikazioaren aurka jo duten guraso eta irakasle gehienak. Irakasleei dagokionez azpimarratzekoa da, Izarraizpe Kooperatibako 123 langileetatik 20 irakasle (Azpeitiko 16 eta Azkoitiko 4 irakasle finko) izan zirela publifikazioaren aldeko apustua ez zirenak sartu. 1993ko maiatzaren 24ean egindako bi bozketetan honako emaitzak eman zituen: Publikoa -pribatu aukeraren aurrean erabakia hartzea- hau erdia gehi bateko gehiengoz erabaki zen- eta emaitzak hauek izan ziren : Publikora 838 (%60,33) eta pribatura, 551, (%39,67); bigarren bozketa kooperatiba desegiteaz zen, eta honetarako 2/3, bazkideen hirutik bi behar ziren, batzarrari erabakia eskatu eta hauek izan ziren emaitzak: bai 802 (62,41%) eta ez 483 (% 37,58) .
Gehiengo soil hura, Estatutuen arabera, ez zen nahikoa kooperatiba desegiteko eta Ikastola Eskola Publiko bihurtzeko. Estatutuek 2/3en (% 66,66) aldeko botoa eskatzen zuten horretarako. Auzia judizializatu, prozesuak probisionalki suspendituta gelditu eta gatazka erabat gordindu zen: 1993ko udazkenean aukera pribatuaren aldeko guraso talde bat Karmelo Etxegarai Ikastolan, Euskal Herrian eraikinean, itxialdia egin zuten; hainbat batzar orokor eta asanblada ere egin ziren.
1994ko apirilaren 18an Badok Hamahiru Ikastolen Lagunak Kultur Elkartea aurkeztu zuten. Urte bereko abenduaren 8an Ikastolako bi alderdiek erabaki zuten mahai parekidea zortzi kidez osatzea, gatazkari irtenbidea emateko eta abenduaren 15ean Ikastolak Batzar Nagusia egin zuen, eta Herriko Batzordeak beste bilera baterako deialdia.
1995eko irailean Karmelo Etxegarai eta Xabier Munibeko klaustroetan parte ez hartzeagatik, espediente zigortzailea ireki zitzaien hainbat irakasleei. 1995eko irailaren 11n Izarraizpe Irakaskuntza Kooperatibako hogei irakasle euren postuak utzi zituzten eta Azpeitiko Ikastola-Ikasberri Kooperatibara pasatu ziren (Karmelo Etxegaraiko 16 irakasle eta Xabier Munibeko 4 irakasle). Ondorengo egunetan eman zion hasiera Azpeitiko Ikastolak- Ikasberri kooperatibak bere ibilbideari. Kooperatiba bezala 1995ko urriaren 1ean sortu zen, 585 ikasle eta 28 langileekin. Herrian zeuden hainbat lokal probisionalki ikasgela bihurtuz (Loiolako aterpetxea, Sanjuandegiko Dotrinako gela, Frantziskanetako komentuko gelak, Arte eta Diseinuko gelak, Betharrandar ikastetxeko gelak).
1996ko otsailaren 26ko erabakian, Ikastola eraikitzeko Ikasberri Kooperatiba Elkarteari obretarako lizentzia eman zion Azpeitiko Udalak. 1996ko maiatzaren 22an Ikastola berriaren aldeko manifestazioa egin zuten mila bat herritarrek. Urte bereko uztailaren 5ean Udalbatzarrak, EAJ, EA eta Azpeitiko Ikastola-Ikasberri Kooperatibaren arteko lur uztearen akordioa onartzea erabaki zuten; Udalak lur zati horretan interes publikoko edozein ekintza burutzeko eskubidea zuela argudiatu zuen. Urte osoa ikasgela probisionaletan egon ondoren, 1996ko urriaren 6an Ikastola berria estreinatu zen, Loiola ibilbidean, honen inaugurazioa 1996ko azaroaren 17an izan zen.
Auziak epaitegi ezberdinak pasa ondoren azkenean Madrileko auzitegira iritsi zen gaia (Azpeitia, Beasain, Elorrio eta Leioako Ikastolak zeuden egoera horretan). Hiru urte luze auzitan egon ondoren, azkenean, Azpeitiko kasuan, akordio bidez, Hezkuntza Sailarekin negoziatu ondoren, Ikastetxe berria sortu zen Azpeitian, Ikastola pribatuaren apustuari segida ematen ziona. Azpeitiko Ikastola Ikasberri Kooperatiba.
Bi herenen auziarena ez ezik, Euskal Eskola Publikoaren Legeak ikastolen mugimenduan eragindako zaurien paradigma izan ziren Azpeitia, Beasain, Leioa eta Elorrio. Bertako ikastola bakoitza bitan banatu baitziren. Leioan eta Elorrion eraikina publifikazioaren aurkakoen eskuetan gelditu zen, Beasainen eta Azpeitian ez bezala. Azpeitian ikastola berria sortu behar izan zen, zerotik hasita eta auziak benetako gatazka soziala eragin zuen.
2000. urtean Azpeitiko Ikastola-Ikasberrik Gipuzkoako Ikastolen Festa, Kilometroak, antolatu zuen, eta lortu zuen dirua eraikitako ikastetxe berria ordaintzeko erabili zuten. 2005eko urriaren 11n Azpeitiko Ikastola Ikasberri kooperatibak, Eusko Jaurlaritzaren 'Herri Onura' izendapena jaso zuen. 2011n ere Azpeitian ospatu zen berriro ere Gipuzkoako Ikastolen Festa, Kilometroak.
2011-12, ikasturtean 300 familia, 450 ikasle eta 60 profesional biltzen ditu Azpeitiko Ikastola-Ikasberri Kooperatibaren egitasmoak. Bertan 18 urte bitarteko ikasleak aritzen dira Haur Hezkuntza, Lehen Hezkuntza, Derrigorrezko Bigarren Hezkuntza eta Batxilergoko ikasketak egiten.