Gueñeseko Santa Mariaren eliza herri erdian dago kokatua, eta inguruan duen plazak bere arkitekturaren egitura antzemateko parada ederra ematen du.
Euskal Herrian arkitekturak izan zuen garapenaren erakusgarri bikain bat da, izan ere Gotikoari eta Errenazimenduari dagozkion zatiak baititu. Agian hau ez da berezia, eliza guztiek dituztelako estilo ezberdin eta garai ezberdinetan eraikitako zatiak, baina Gueñesen kasuan, obra egiten ari zirela, patroiak -udalak eta kabildoak kasu honetan-, estiloa aldatzea eskatu zuen, eta hori da bereziena. Bere eraikuntzaren nondik norakoak ezagutzen ditugu kontserbatu den dokumentazio historikoari esker, eta bertan agertzen da XV. mendearen azken urteetan estilo gotiko berantiarrean hasita zelarik, 1540 inguruan "erromatar era"-ko eliza bat nahi zutela eskatu zutela herritarrek, eta horregatik elizaren planoak aldatu behar izan zituztela.
Hasiera batetan traza guztiz gotikoa zen. Eliza 1500 inguruan eraikitzen hasi zen Juan de Rasines arkitekto bikainari egotzitako planoa jarraituz, nahiz eta gero gauzatzea Olabe hargin familiaren esku egon. Lehendik eliza zahar bat zegoen ohi den moduan, txikia geratua. Burualdetik hasten ziren egiten elizak, eta hori gertatu zen Gueñesen kasuan ere. Beraz burualdea eta elizaren lehen tramua dira parterik zaharrenak, 1515ean sagaratu zirenak. Hasiera plano honek hiru nabeko eliza bat eskatzen zuen, erdiko nabea albokoak baino altuagoa eta zabalagoa zelarik, gotiko estiloan ohikoa den bezala. Burualdea poligonala da eta kanpoaldetik kontrahorma sendoak ditu.
Zati hau bukatutakoan elizaren gorputza egiten hasi ziren eta 1515-1520 urte inguruan bigarren tramuan ari ziren lanean. Parte honetan dago portada, hegoaldeko horman, eta plazari begira. 1521ean bukatu zuten. Eguzkiaren portada ere deitzen zaio, eta Bizkaiko portada gotikoen artean aipagarrienetariko bat dugu. Portada osoa bi kontrahormen artean dago eta hauek atearen markoaren papera egiten dute, konposizioa indartuz. Atea arku zorrotz bat da, arku konopial batekin koroatua, eta alboetan bi orratz luze ditu, estilo gotikoaren adierazgarri argiak. Sarbideari dagokionez, bi arku oso beheratu dira, eta erdian, mainel bezala funtzionatuz, koloma entortxatu bat dago, Ama Birjinaren irudi batez bukatuta. Ate bakoitzaren gainean bi aingeru daude.
Portada honen osagairik aipagarriena dekorazioa da, erliebean egina eta hizkuntza gotikoan. Horrela bada, kardinak dituen kresteria batek inguratzen ditu arkuak, landare itxurako diseinu batek betetzen du tinpanoa, leiho gotiko itsuak daude goiko partean, arku batzuk sokaz eginda baleude bezalakoak dira. Orokorrean balio apaingarria bizia dauka portadak, nahiz eta erliebe guztiak nahiko lauak eta xumeak izan. Horretaz gain portadaren gaineko inposta lerroan bolatxoak daude, XVI. mende hasierako estilo gotiko berantiarrean ohikoak diren bolatxoak hain zuzen. Bolatxo isabeldarrak ere deitzen zaie, Isabel eta Fernando Errege Katolikoen garaiko elementua delako, eta horregatik izendatu izan zaio ere "Errege katolikoen estiloa" garai honetako gotiko berantiarrari. Garai eta itxura honetako portada gutxi daude Bizkaian, esate baterako Bilboko Santiagoren katedraleko Aingeruaren portada, edo Axpeko Santa Mariaren elizakoa.
Eliza honen planteamenduaren aldaketa 1540 inguruan eman zen, Kontzejuak eta parrokiako kabildoak tenpluaren ideia aldatu nahi izan zutenean. "Erromatar erara" egindako tenplua bat nahi zuten, dagoeneko estilo gotikoa zaharkitua geratuta zegoelako haien ustetan. "Erromatar erara" garai honetan Errenazimenduko estiloa da, horrela deitzen baitzioten Antzinako eraikinaren elementuak erabiltzen zituzten estilo berriari. Errenazimendua 1530 ingurutik aurrera zabaltzen hasi zen Euskal Herrian eta 1540ean Gueñeseko eliza estilo horretan eraikitzeko agindua aurkitzen dugu. Horrela bada, hiru nabeak altuera berekoak jarri zituzten, gotiko berantiarreko altuera ezberdinak gaitzetsiz. Hallenkirsche edo areto-oinplanoko eliza bat bihurtu zuten, eta horri barrualdean nabaritzen da, lehen tramuan nabeek altuera ezberdinak dituztelako oraindik.
Elizaren planteamendu berria Juan de Garita IIa arkitektori enkargatu zioten, eta lana Miguel de la Torre, Hernando de la Vega eta Gonzalo de Ribas harginek egin zuten hurrenez hurren. Ideia eta estiloaren aldaketak ez zituen elementu guztiak aldatu ordea. Eliza sostengu-elementuak berdinak dira bi zatitan, alegia, kolomatxoak atxikita dituen kolomak, eta hormari itsatsitako koloma erdiak alboko nabeen kasuan. Estalkiak ere gotikoak dira eliza guztian, baina hau ez da harritzekoa, Euskal Herrian ganga gotikoak XVIII. mendera arte eraiki zirelako. Gueñesekoak bereziki aberatsak izateagatik dira deigarriak. Denetan gurutze-gangak erabiltzen dira baina tertzeletezkoak, trazeria lerrozuzen, karratu eta konkortuarekin. Burualdean izar ganga bikain bat dago. Pentsatu dezakegu ganga hauek bere garaian horma-pinturarekin apainduta egongo zirela, eta horrek barrualde oso aberats bat osatuko luke.
Benetan hizkuntza klasikoa erabiltzen duen elementua elizaren oineko portada da, 1603 eta 1611 artean Rodrigo de la Cantera harginak egina Juan Gonzalez de Cisniega arkitektoaren planoarekin. Azken hau Burgoseko artzapezpikutzako arkitektura lanen ikuskatzailea zen, beraz, bere irizpide estetikoa ezartzen zuen pertsonaia bat zen, eta garai honetan Gueñeseko parrokia Burgoseko elizbarrutiaren menpe zegoenez, hango gustu estetikoa dauka. Portada erliebean dago egina eta Escorialeko portada eta erretaularen diseinua jarraitzen du, XVII. mende hasierako hainbat lanetan bezala. Bi gorputzez osatua dago. Behekoan, erdi puntuko sarbidea eta haren alde bakoitzean bi erdi koloma. Goiko gorputza txikiagoa da eta boluta fin batek elkartzen du behekoarekin. Erdi puntuko arki itsu bat dauka, eta guztia frontoi triangeluar batekin dago koroatua. Haren gainean Escorialen sortu eta Espainia osoan zabaldu ziren piramide eta bolak daude, "escorialeko piramideak" deitzen direnak hain zuzen. Orokorrean oso soila da, zurruna, ez du dekoraziorik, eta estruktura orekatu eta serio bat du, garaiko klasizismoak halaxe agintzen zuen eta.
Dorrea ere, XVI. mende bukaerakoa izanik oso soila da, 1585ean egin zuen plangintza Juan de Garita harginak, eta 1698an bukatu zen. Oinplano karratua dauka eta ez du batere dekoraziorik erakusten, pilastra txiki batzuk besterik ez.
Bukatzeko, aipatu behar da burualdean duen erretaula nagusia, espazioa hierarkizatzeko erabiltzen den altzari garrantzitsu bat da eta. Kasu honetan erretaula barroko klasikozalea da, 1631tik aurrera egindakoa Pedro de Sopeña eta Bartolome Martinez erretaulagileek. Eskulturak, Juan de Palacio Redondo eta Francisco Alvarezek egin zituzten 1636 eta 1642 artean, eta 1680an polikromatu zuten. Bankua, bi gorputz eta atikoz osatua dago, eta bertikalki bost kale ditu. Barroko klasizistak erretaulak kasetoietan antolatzen ditu eta koloma entortxatuak erabiltzen ditu, bai eta frontoi hautsiak ere. Eskultura ez da kalitate bikainekoa, baina bere funtzio didaktikoa eta estetikoa aise bete izan du historian zehar. Erretaula nagusiaz gain badaude alboetako hainbat erretaula, guztiak barrokoak baina kronologia ezberdinetakoak.
Gueñeseko eliza arkitekturaren bilakaeraren adierazle bikain bat da. Gotikoan hasi, "erromatar eran" jarraitu eta portada hizkuntz klasizistan bukatu. Hizkuntz ezberdinak izan arren, modu natural batean uztartzen ditu eta bere izaera bateratua mantentzen du, eta horrek xarma handia ematen dio eliza honi.