Egileak berak emandakoak izanez, hurrengo eskuizkribuak Historiarako Errege Akademian aurkitzen dira: Diario del capitán de fragata D. Juan Francisco Aguirre en la demarcación de límites de España y Portugal en la América meridional, 2 ale.; Diario y observaciones de...sobre la cordillera de Buenos Aires...-en 2. Alea ; Suplemento al Diario de Aguirre; Cuaderno de notas para corrección del Diario; Compilación de 85 documentos. Zati bat Revista de la Biblioteca Nacional de Buenos Aires-ek argitaratua izan zen. 17-20 aleak. Bere zerbitzuen aipamenetarako ikus bedi: Museo Naval de Madrid, Leg. 'Juan Francisco Aguirre'.