La población de esta villa procede de una época muy remota, según la tradición vulgar comúnmente admitida. Así parece indicar la mucha extensión que debió tener en su origen la parroquia de la misma, y también la gran antigüedad de la casa solar llamada de San Millán, en cuya inmediación debía haber indudablemente algunas otras más. Esto no obstante, hay que convenir que no se encuentra memoria alguna que justifique su existencia en tiempo tan lejano. La más antigua de que hay noticia positiva es la escritura de su agregación a la vecindad de la villa de Tolosa, otorgada en fecha 21 de enero de 1391, la cual fue confirmada por el rey Enrique III el 20 de febrero del año siguiente. En virtud de esta concordia Cizúrquil dependió de la jurisdicción de la villa de Tolosa y del juzgado de su alcalde, y se obligó a contribuir a los gastos de interés común que se ofreciesen al concejo de ella, pero, a pesar de esto, conservó sus términos amojonados, sus montes, rentas y su administración económica peculiar. El asunto del pago de repartimientos fue motivo de un largo pleito entre Cizúrquil y otras aldeas con Tolosa, el cual tuvo principio en el año de 1435, y se sentenció en el de 1450 en sentido favorable a esta villa. Pendiente todavía el negocio en grado de revista, los lugares colitigantes hicieron con Tolosa una concordia, menos Cizúrquil, Asteasu y Aduna, que no quisieron entrar en ella, y siguieron el recurso de súplica sin resultado satisfactorio. Tal fue el estado en que se mantuvo Cizúrquil hasta el año de 1615 en que se separó de la dependencia de Tolosa a consecuencia de haber obtenido la real gracia de título de villa de por sí con la jurisdicción civil y criminal, mero y mixto imperio. Para su consecución tuvo que pagar a la real hacienda la suma de 40.000 reales por los ciento cuarenta y ocho vecinos que se le regularon por el juez de comisión nombrado para darle la posesión del villazgo. No contando, sin embargo, con medios bastantes para pagar las dietas de su representante en las juntas de la provincia, esta villa entró en el año de 1631 en la unión llamada de Zubiberria, en la que estuvo hasta 1644, y en 1649 pasó a la de Aiztondo. Separada también de esta unión en 1664, asistió por sí sola a las juntas sucesivas, pero en el año de 1826 entró en la de Andatzabea con Usúrbil y Orio, y en ella subsistió (P. G.). En las elecciones del 5 de noviembre de 1933 [plebiscito pro-Estatuto Vasco] se obtuvo en esta localidad el siguiente resultado: Número electores 603 Favor 563 Contra 13 [Ref. "La Voz de Guipúzcoa", noviembre 1933]. En las elecciones a Diputados en Cortes del 16 de febrero de 1936, constitutivas del Frente Popular en España, se emitieron en esta localidad los siguientes votos, según datos del P.N:V.: Sr. Irujo 239 Sr. Lasarte 158 Sr. Irazusta 157 Sr. Monzón 152 Sr. Picavea 150 Sr. Paguaga 128 Sr. Oreja 125 Sr. Múgica 124 Sr. Lojendio 124 Sr. Amilibia 59 Sr. Apraiz 59 Sr. Ansó 59 Sr. Larrañaga 59 De los cuales, quedan en la segunda vuelta (1 de marzo): Sr. Picavea (P.N.V.) 236 Sr. Lasarte (P.N.V.) 235 Sr. Irujo (P.N.V.) 235 Sr. Irazusta (P.N.V.) 233 Sr. Ansó (F.P.) 71 Sr. Apraiz (F.P.) 70 Sr. Amilibia (F.P.) 64 Sr. Larrañaga (F.P.) 61 [Ref. "El Pueblo Vasco", febrero, marzo 1936]. En la guerra de 1936 permaneció en poder de las fuerzas de la República hasta el 16 de agosto de 1936 en que fue ocupada por la columna que avanzaba de Tolosa hacia Andoain.