En 1986 llegó el relevo generacional al desaparecer José Manuel. Jorge Sendagorta Gomendio se incorporó al equipo directivo. En 1988 se había concluido un cambio total de la empresa y puesto las bases estratégicas para los siguientes años. Sener renovó todo su equipamiento y ajustó su tamaño al capital humano altamente cualificado. Se fijó el área de telecomunicaciones para el crecimiento de la empresa. En 1992 la sede central se trasladó al Parque Tecnológico de Tres Cantos (Madrid) y Sener Ingeniería y Sistemas (SIS) quedó como única sociedad a partir de 1993. Los años noventa volvieron a ser de fuerte crecimiento y en 1996 se añadiría a las áreas de telecomunicaciones-aeroespacial e ingeniería la de medio ambiente.
En el área aeroespacial en 1989 se realizaron los primeros ensayos de guiado de proyectiles por medio de rayos láser: SBGL. En 1992 se participó en la plataforma habitable del Columbus así como en varios proyectos espaciales ligados a las telecomunicaciones: Ulysses, Giotto, Cluster, Spacelab, Hermes, Columbus, Meteosat y Hubble. Por otro lado, ITP se consolidó como la empresa clave española integrada en los principales proyectos europeos de diseño de motores de aviación. En la actualidad ITP cuenta con más de 2.200 personas y participa en los motores de la empresas Boeing y Airbus, así como en los motores de combate europeos Euro Jet EJ200, Tigre Eurocopter y de transporte militar A-400m. La acumulación de conocimientos en estas áreas ha permitido en la actualidad que el Grupo desarrolle los satélites SPAINSAT y XTAR-EUR y esté integrado en el proyecto de misil europeo IRIS-T.
Con respecto a las tecnologías medioambientales SENER ha desarrollado un proceso basado en la técnica de extracción denominada INTERLINE, que permite recuperar las bases lubricantes. La primera planta demostrativa de esta tecnología se puso en marcha en el año 2000 en Fuenlabrada. Por otro lado, los desarrollos en energía solar han llevado a la constitución de dos empresas (Gemasolar 2006 y Termesol-50) que son líderes mundiales en sus sistemas de captación de energía solar.
Desde 2005 el proceso de internacionalización de Sener se ha visto reforzado por la apertura de las delegaciones de Okayama (Japón) y Varsovia (Polonia) y la compra de la ingeniería mexicana III. En la actualidad Sener Grupo de Ingeniería es un holding de propiedad familiar compuesto por una veintena de sociedades donde Sener Grupo es el accionista en exclusiva o mayoritario de cada una de ellas. El Grupo lo forman más de 3.500 trabajadores.
Ingeniería, industria aeroespacial y energía y medioambiente son las tres grandes áreas actuales en las que se engloban las empresas del grupo. La ingeniería está concentrada en la empresa Sener Ingeniería y Sistemas (SIS) que supone el 30% de los ingresos y algo más del 50% del empleo del holding. Esta empresa es la esencia y la base del grupo. De ella han ido saliendo las otras iniciativas y ella misma actúa como aglutinante. La diversificación en Sener Grupo de Ingeniería se consigue a través de la actividad aeroespacial y medioambiental. En la primera el Sener Grupo, o en su caso su empresa Sener Aeronáutica, ha creado una extensa matriz de empresas con socios tecnológicos tanto empresariales como institucionales de ámbito internacional. En las energías Sener Grupo tiene un comportamiento diferente. A partir del desarrollo propio de tecnologías solares, de tratamientos de residuos y de mejoras de procesos se han creado empresas conjuntas con socios e instituciones interesadas o directamente filiales.
Con motivo de su cincuenta aniversario se publicó en el 2006 el libro de Alejandro Gándara titulado Sener: La historia de su tiempo 1951-2005. Salamanca, Editorial Kadmos.
Santiago LÓPEZ GARCÍA (2008)