Licenciado y doctor en historia contemporánea por la Universidad del País Vasco-Euskal Herriko Unibertsitatea (UPV-EHU).
Realizó la tesina sobre La ocupación napoleónica en Álava. Reconversión fiscal y desamortización (Vitoria, 1983) y defendió la tesis doctoral en 1987 sobre La Hacienda foral alavesa en la crisis del Antiguo Régimen (1800-1877). Vinculado a la Universidad del País Vasco desde 1980, es Profesor Titular del Departamento de Historia Contemporánea en la Facultad de Filología, Geografía e Historia (Vitoria).
Desde entonces ha venido trabajando en temas relacionados con la historia social vasca del siglo XIX. Sus publicaciones en revistas especializadas han girado en torno a la desamortización, los fueros o el carlismo; más recientemente se ha interesado por analizar el papel de la religión o de la memoria en la construcción de la identidad colectiva. Entre sus principales obras relacionadas con la Historia del País Vasco se encuentran las siguientes:
- "Contra el olvido. Apuntes biográficos de tres liberales vascos", en Estatuto, constitución y libertades cívicas, 2004.
- "El Carlismo en la Rioja Alavesa", en Espacio, sociedad y economía: Actas de las Primeras Jornadas de Estudios Históricos de Rioja Alavesa, 2002.
- El enclave de Treviño: breve historia de un contencioso secular, Vitoria-Gasteiz : Diputación Foral de Álava, Departamento de Cultura y Euskera, 1999.
- "Las élites en la historiografía vasca: una cuestión todavía pendiente", en Elites: Prosopografía contemporánea (coord. por Pedro Carasa Soto), 1994.
- "La venta de bienes comunales en el Ayuntamiento de Vitoria durante la Guerra de la Independencia", en Symbolae Ludovico Mitxelena septuagenario oblatae, Vol. 2, 1985.
- Álava durante la invasión napoleónica, reconversión fiscal y desamortización en el término municipal de Vitoria, Vitoria-Gasteiz: Diputación Foral de Álava, Departamento de Publicaciones, D.L. 1983.
Sin embargo, la línea curricular de José María Ortiz de Orruño no se circunscribe únicamente al ámbito vasco. Así se desprende de los libros titulados Alemania: del Sacro Imperio a la caída del muro (Bilbao, 1995), Estado, protesta y movimientos sociales (Vitoria, 1998) o Historia y sistema educativo (Madrid, 2000).
Promotor y fundador del Instituto de Historia Social "Valentín de Foronda", fue también director de este prestigioso centro de investigación durante el quinquenio 1999-2004. Miembro de varias organizaciones vinculadas al estudio y la difusión de los estudios históricos, en algunas ha ocupado también cargos de responsabilidad en la Sociedad de Estudios Vascos (de la que fue uno de sus vicepresidentes entre 1990-94) o la Asociación de Historia Contemporánea (2002-06).