En el Museo se exponen objetos en la zona de entrada, primera y segunda planta. Todos los aspectos de la navegación los regía la Cofradía de Mareantes de Plentzia, denominada de San Pedro, que agrupaba a los marinos de Barrika, Sopelana, Lemoiz y Gorliz. Sus ordenanzas más antiguas son de 1524. Se extinguió en 1870. Pertenecientes a ella se muestra diversa documentación como certificaciones de inscripción, listas de mar, registros de boletos, etc.
Las maquetas de barcos muestran la evolución de la navegación. El más antiguo expuesto es una nao del siglo XV. Ésta fue reemplazada por el galeón, buque de carga y también de guerra, importante en la navegación de altura durante los siglos XVI y XVII. El siglo XVIII supone la aparición de otros tipos como la fragata, la goleta, el bergantín... Más adelante, en el siglo XIX, surgen los veloces clippers y, a finales de ese siglo, el vapor se extiende sustituyendo a los barcos de vela. El final de este recorrido por la tipología naval se completa con el siglo XX y sus buques mercantes, ferrys de pasajeros y superpetroleros.
Algunas de las maquetas expuestas son exvotos, para ser colgados de la bóveda de las iglesias. Idéntica finalidad tenían varios de los cuadros de barcos, lo que explica el ambiente de tormenta. Otros son un recordatorio, en algún caso pintado por algún miembro de la tripulación.
En ambas plantas se muestran fotografías de marinos, naturales de Plentzia, o estudiantes de su escuela de Náutica. Destacar Nicolás de Olaguibel y Esnal, nacido en Plentzia, armador, banquero y comerciante, figura relevante de la vida política y económica de Bizkaia de mediados de siglo XIX. Es muestra de la difícil y exitosa carrera de un plenciano emprendedor, perjudicada por su filiación en la Segunda Guerra Carlista.
Además, en la segunda planta se enseñan diversos instrumentos de navegación. Algunos utilizados para la navegación y observación de los astros como: anteojos, octantes, sextantes, planisferios, naviesfera, la bitácora, el compás, y la alidada; y otros para la medición de la velocidad como la corredera. Junto a elementos procedentes de barcos como campanas, faroles, timón, vajilla...
La documentación marina se completa con una variada muestra de ordenanzas, cartas de navegación, de carácter comercial (fletes), diarios de navegación, derroteros, nombramientos de pilotos, fotografías de barcos, tratados de astronomía y navegación, etc...