El Museo del Carlismo cuenta con varias publicaciones propias:
- CASPISTEGUI GORASURRETA, Francisco Javier. Una historia por descubrir: materiales para el estudio del carlismo. Gobierno de Navarra. Dpto. de Cultura y Turismo - Institución Príncipe de Viana, 2010.
- LARRA, Mariano José de; WILDE, Oscar; VALLE-INCLÁN, Ramón del. Tres cuentos carlistas. Gobierno de Navarra. Dpto. de Cultura y Turismo - Institución Príncipe de Viana, 2010.
- VV.AA. Actas de las I jornadas de estudio del carlismo (Estella 2007): El carlismo en su tiempo: geografías de la contrarrevolución. Gobierno de Navarra. Dpto. de Cultura y Turismo - Institución Príncipe de Viana, 2008.
- VV.AA. Actas de las II jornadas de estudio del carlismo (Estella 2008): Violencias fraticidas. Carlistas y liberales en el siglo XIX. Gobierno de Navarra. Dpto. de Cultura y Turismo - Institución Príncipe de Viana, 2009.
- VV.AA. Actas de las III jornadas de estudio del carlismo (Estella 2009): Imágenes. El carlismo en las artes. Gobierno de Navarra. Dpto. de Cultura y Turismo - Institución Príncipe de Viana, 2010.
- VV.AA. Actas de las IV jornadas de estudio del carlismo (Estella 2010): "Por Dios, por la Patria y el Rey". Las ideas del carlismo. Gobierno de Navarra. Dpto. de Cultura y Turismo - Institución Príncipe de Viana, 2011.