En la guerra de 1936-1939 la posesión de la Peña Lemona fue duramente disputada por ambos bandos en litigio. Su proximidad al Cinturón de Bilbao -4 Kms.- y de la capital vizcaína -13 Kms. en línea recta- así como su preeminente situación desde la que se dominaban las carreteras de Amorebieta y Lemona a Galdakao dotaban a la peña de un extraordinario valor estratégico que no pasó desapercibido a defensores ni atacantes. Después de muchos años hemos tenido la suerte de obtener el manuscrito que dice así "Año 1937. Diario de Operaciones. 1.ªAgrupación de la 2.ª Brigada de Navarra". Jefe de las fuerzas atacantes: Tte. Coronel D. Jesús Esparza Arteche. En sus páginas 10 y 11 se encuentra la historia de la ocupación de la Peña de Lemona que transcribimos:
"Día 29 de mayo de 1937. En el día de hoy, se ha llevado a cabo por las fuerzas de esta Media Brigada, la ocupación del pueblo de Amorebieta, la cota 216 y Peña de Lemona".
El día 27, el Batallón Simón Bolibar y los batallones asturianos números 225 y 230 ocuparon las Peñas de Lemona.
"El día 29 a las 17 horas, se emprendió de nuevo el avance hacia la Peña de Lemona, siendo Arapiles con dos compañías de Falange quienes procedieron a la ocupación, quedando las otras dos con el Comandante D. Emilio González, de protección del flanco derecho y el término de Ntra. Sra. del Camino del izquierdo. La Peña fue ocupada al asalto a las 20 h. 30. Se pasaron siete milicianos".
El asalto fue precedido de una intensa preparación artillera y aérea verdaderamente impresionante y se facilitó por la defección del batallón n.° 230. La noche del 30 se produjo un contrataque sin resultado. El 31 de mayo se produjo un nuevo contraataque por medio del batallón Bolibar que, con su comandante Echegoyen al frente, consiguió abrirse paso en varios puntos de las defensas nacionales. Tras una hora de combate el Bolibar se vio obligado a retroceder ante la inactividad de los batallones asturianos n.° 225 y 230. Nuevos ataques los días 1 y 2 sin resultado.
"El día 3, hacia las 8 y 30 de la mañana, fue atacada la Peña de Lemona, previa intensa preparación artillera, protegidos por orugas que se acercan por el flanco derecho a 200 metros de la posición. El Tercio de San Ignacio que la guarnece la abandona, y es contraatacada a las 1 y 15 por tres compañías de Arapiles y dos de Falange protegidas por las ametralladoras Hochtkiss de Arapiles, quedando de reserva en el Pinar Alto un Batallón perteneciente a la 2.ª Media Brigada, recientemente llegado. Con la protección del Grupo 10,5 (artillería) de la Brigada, se realizó este ataque que no pudo progresar más allá del principio de la loma quemada que constituye la posición por el mortífero fuego de las ametralladoras enemigas que hicieron a las compañías asaltantes en brevísimo tiempo, muchas bajas. Con objeto de reforzar nuestras líneas, llegaron otros dos batallones al mando del Tte. Coronel Castra, quedando estos dos en reserva y continuando el primeramente llegado en el Pinar Alto, que pasa á ser nuestra línea avanzada".
Relevado del mando el Cte. Gorritxu, la IV Brigada vasca, cuyo mando había sido encomendado al Comandante Cristóbal Errandonea con los batallones Rosa de Luxemburgo, Dragones y Amuategui, volvió a atacar Peña Lemona. Aprovechando el que la lluvia y el viento dificultaban la actuación de la aviación, los batallones 4.°, 22.° y 35.° apoyados por dos pequeños tanques cuya presencia sorprendió grandemente a los defensores, la tomaban a primera hora de la mañana tras obligar a los nacionales a desalojarla con muchas pérdidas. Las tropas franquistas contraatacaron varias veces, siendo rechazadas.
"En la tarde del día 5, previa preparación artillera intensa, que comenzó a las 17 y 45, fue ocupada nuevamente la Peña de Lemona. Comenzó el ataque a las 19 horas, llevado a cabo por 160 hombres del Tercio San Ignacio, la 2.ª Compañía de Ntra. Sra. del Camino y la 2.ª y 4.ª Compañías del Arapiles en segundo escalón, protegidos por las ametralladoras del mismo Cuerpo".
El Batallón Simón Bolibar quedó destruido en estos días y fue retirado hacia retaguardia. Según el Diario de Operaciones de los rebeldes, sus bajas fueron el día 29 setenta y ocho, el día 3 doscientas cincuenta y tres, el día 5 quinientas setenta y siete, con un total de novecientas treinta y cinco. Se puede calcular que el total entre los dos bandos pasaría de mil seiscientas en un terreno como un campo de fútbol. En el Diario se expresan los nombres y apellidos de los jefes y oficiales que fueron muertos y heridos con un total de veintiséis, de sus propias tropas. Cifra extraordinaria en tan pocas horas de combate, justificadas por la perentoria necesidad de ocupar la Peña y por el concentrado foco de operaciones. El 11 de junio moría, a los 24 años de edad, en el frente de Frúniz, el magnífico pintor y artista polifacético Nicolás de Lecuona.