Ajuriaguerra ha contribuido al mundo de la ciencia con una importante cantidad de obras de su especialidad (40) y 180 artículos entre los que deben de citarse:
- 1936 La douleur dans les affections du système nerveux central
- 1942 Psychopathologie de la vision con J. Lhermitte.
- 1943 "La crampe des écrivains est elle une affection organique?">, La Presse Médicale, 1943, con André-Thomas
- 1947 Les rapports de la neurologie et la psychiatrie con H. Ey y H. Hécaen.
- 1948 Epilepsies con L. Marchand.
- 1948 L'Axe corporel. Musculature et innervation con André-Thomas.
- 1949 Etude sémiologique du tonus musculaire con André-Thomas.
- 1950 Le Cortex cérébral con H. Hécaen.
- 1952 Méconnaissances et hallucinations corporelles. Intégration et désintégration de la somatognosia con H. Hecaen.
- 1956 Troubles mentaux au cours des tumeurs intracrâniennes con H. Hécaen.
- 1956 "Agnosie visuelle pour les objets inanimés par lésion unilatérale gauche" Revue Neurologique
- 1956 "Les apraxies. Variétés cliniques et latéralisation lésionnelle" Revue Neurologique, en colaboración con Hécan y Angelergues.
- 1960 Le Cortex Cérébral. Etude neurophycho-pathologique 2ª Edic. Renovada.
- 1960 "Le lobe occipital dans l'organisation cérébrale" en Les grandes activités du Lobe Occipital, París.
- 1961 "Le rhinencéphale dans l'organisation cérébrale" en Les grandes activités du Lobe Occipital, vol. II. París, en colaboración con C. Blanc.
- 1963 Les gauchers. Prevalence manuelle et dominance cérébrale con H. Hécaen.
- 1963 Le poète Henri Michaux et les drogues hallucinogènes con F. Jaeggi.
- 1964 L'Ecriture de l'enfant con M. Auzias, M. Stambak
- 1971 Manuel de Psychiatrie de l'enfant traducido al español (1972), al inglés (1980) y portugués (id).
- 1972 Abrégé de Psychopathologie de l'enfant con D. Marcelli. Traducido al español.
- 1980 Las demencias Col. Estudios psicopatológicos dirigida por C. Mendilaharsu (Uruguay).
Participó asimismo en numerosos Simposium siendo famosos los que él y su equipo organizaron en Bel-Air los años 1960-65-68-71 y 77, recogidos en otros tantos volúmenes publicados por la Ed. Masson de París.