Esta Sociedad es heredera de una "Peña filatélica" que existió en el Centro Cultural Guipuzcoano, y que tuvo su origen en la Exposición Nacional de Filatelia celebrada en los salones de exposiciones del Ayuntamiento de San Sebastián el año 1948. La Sociedad Filatélica se constituyó oficialmente el 8 de noviembre de 1959.