Enrique Sendagorta fundó Sener en 1956. Contaba con 18 empleados. Se trataba de la primera ingeniería española que operaba como una consultora integral. En los primeros cuatro años diseñó barcos de todo tipo y participó en el consorcio de armadores Costrunaves, cuyo objetivo era la exportación de buques a Argentina en compensación a los créditos concedidos en 1947 para la importación de trigo. En 1961, Enrique se hace cargo del Instituto Español de Moneda Extranjera y la dirección de la empresa pasó a recaer en su hermano José Manuel.
José Manuel, con una formación más académica e investigadora ligada a la aeronáutica, traslada la sede central a Madrid y articula el negocio entorno a la ingeniería de las plantas industriales así como en el diseño asistido por ordenador para la construcción de barcos, lo que sería el Sistema FORAN. Se trata de un programa de diseño de cascos de buques a través de modelos informáticos, un CAD/CAM. En 1966 sería presentado en el concurso de la Armada Norteamericana para construir un buque rápido de transporte de tropas de 44.000 TPM a 40 nudos (Fast Deployment Logistical Ships). FORAN recibió del Pentágono una financiación de 50.000 $ para el diseño de las formas del prototipo. A partir de 1968 FORAN ha ido ganando mercado hasta hacerse con una cuota del 30% mundial y estar presente en más de 200 astilleros en 24 países.
En 1967 se entró en el primer proyecto internacional con la ESRO (posteriormente Agencia Espacial Europea -ESA-), para el diseño y construcción de una torre de lanzamientos de cohetes en la Base de Kiruna (Suecia). Más tarde, en 1973, Sener participaría en la construcción de una torre de lanzamientos de los cohetes Ariane de la base de Kourou y en 1976 en el Spacelab. Las diferentes experiencias permitieron a la empresa diseñar mástiles y antenas para los satélites Olympus y Hipparcos de la ESA. En 1985 también estaría presente en el plan para la construcción del Ariane V y los transbordadores Hermes. A la aventura espacial Sener sumaría desde 1982 la aeronáutica. La compra de los F-18 por el Gobierno implicaba un programa de compensaciones para las empresas españolas. Con esta finalidad Sener crea ITP (Industria de Turbopropulsores). Dos años más tarde Sener instó al Gobierno para sumarse al European Fighter Aircraft y que Sener - ITP fuese la representante española.
Desde principios de los años setenta Sener agregó a sus áreas la ingeniería nuclear. La clave estuvo en el contrato para planear y desarrollar la Central Nuclear de Lemóniz. Sener realizó la mayor parte del proyecto, exceptuando el reactor. Los trabajos se sucedieron a buen ritmo hasta 1976, fecha en la que arreciaron los problemas. Los más graves fueron los dos asesinatos (José María Ryan en 1981, que era ingeniero jefe de la central, y Ángel María Pascual Múgica, que era el director del proyecto) en 1982) a manos de ETA. Los sabotajes llevaron a las empresas implicadas a una situación límite y el Gobierno decidió en 1983 la actual moratoria nuclear.
Todas estas actividades no impidieron a Sener continuar sus trabajos de ingeniería naval y portuaria. Destacan dos proyectos que se anticiparon a su tiempo. Por un lado, el diseño en 1969 para crear una superestructura que permitiera el atraque de superpetroleros en el Espigón de Punta Lucero en Bilbao. Por otro, en 1972, el desarrollo de grandes buques para transporte de gas licuado. A estos proyectos hay que sumar en 1967 el diseño de la Autopista Bilbao-Behovia, en 1971 el estudio de alternativas para el aeropuerto de Sondica y en 1984 el Libro Verde del transporte en Bilbao donde se planifica el Metro, cuyo plan se adjudicaría en 1986. Sener terminaría participando en la construcción de las líneas 1 y 2 inauguradas en 1995.
En 1976 Sener decidió acometer varios cambios en su organización. Se creó Sener Ingeniería y Sistemas (SIS) para salvaguardar las patentes y tecnología y tener la flexibilidad suficiente para poder rehacer los diferentes negocios. En paralelo, se constituyó Sener Técnica Industrial y Naval con el propósito de desarrollar sus secciones hasta constituir nuevas empresas.