La obra de Saizarbitoria se suele dividir en dos períodos. El primero de ellos está compuesto por sus primeras tres novelas, Egunero hasten delako (1969), Ehun metro (1976) y Ene Jesus (1976).
Egunero hasten delako supuso una auténtica revolución, muy en especial en la medida en que marcó la ruptura con los parámetros formales conocidos hasta entonces por la literatura vasca, pero también por su novedad temática. En la novela se pueden distinguir dos planos narrativos: por un lado, el de los diálogos unilaterales que mantiene un personaje de verbo desatado con un interlocutor que permanece en silencio, en la estación de ferrocarril de Ginebra y en un locutorio telefónico; y, por otro lado, la historia de Gisèle Sergier, una joven que llega a Ginebra con la intención de abortar, narrada en tercera persona. La alternancia de ambos planos narrativos es la primera muestra de la inquietud por el estilo que Saizarbitoria ha mostrado a lo largo de toda su obra. En opinión de Iñaki Aldekoa, al margen de la técnica narrativa tomada de Camus, Saizarbitoria está más interesado en la vida del ciudadano europeo corriente que en la angustia existencial.
Ehun metro es la obra más conocida de Saizarbitoria. En esta ocasión el autor se sirve de una estructura cinematográfica milimétrica para administrar adecuadamente el tempo de la narración. Ehun metro cuenta la historia de la última huida de un miembro de ETA, hasta caer victima de los disparos de la policía en la Plaza de la Constitución de la capital donostiarra. El recurso a la narración objetiva llevó al autor a emplear tanto el euskera como el castellano para dotar de verosimilitud a la narración. La obra fue secuestrada por la censura durante dos años, y tras su publicación ha sido traducida a numerosas lenguas. Según Jon Juaristi, esta ha sido una de las obras peor leídas de la literatura vasca de todos los tiempos; de hecho, ha sido considerada una apología de ETA, a pesar de que fue escrita con la intención de narrar un suceso con la más estricta objetividad. En opinión de Olaziregi, para Saizarbitoria la novela es un medio de experimentación y expresión de nuevas formas por lo que, en ese sentido, el autor eligió el camino iniciado por el movimiento del nouveau roman francés.
Ene Jesus es una narración que se impone a sí misma cada vez más obstáculos en su desarrollo, hasta llegar al punto de agotarse en el silencio o en la ironía de un "contar" que se convierte en un mero "computar". Su protagonista y narrador, Samuel, tiene una enfermedad del sistema nervioso, que le provoca cada vez más dificultades motoras y verbales. Según Aldekoa, Ene Jesus es una metanovela, una obra que pone en cuestión la posibilidad misma de la escritura. La crítica ha visto en esta novela un homenaje a Samuel Beckett, y ha establecido paralelismos entre el silencio de su protagonista Samuel y el silencio posterior del propio Saizarbitoria.
Tras el largo paréntesis ya citado, el autor dio inicio a su segunda etapa a partir de 1995, mediante las obras anteriormente mencionadas: Hamaika pauso (1995), Bihotz bi. Gerrako kronikak (1996), Gorde nazazu lurpean (2000) y sus secuelas: Gudari zaharraren gerra galdua (2000), Rossettiren obsesioa (2001) y Bihotz bi, hilobi bat (2001).
Hamaika pauso recibió una excelente acogida: Jon Juaristi, responsable de su traducción al castellano afirmó que era la gran novela de su generación, afirmación con la que Olaziregi se muestra de acuerdo.
La novela es la narración de una narración, contada por un tercer narrador que nos habla de los dos anteriores. La historia que se encuentra en el fondo de la caja china es la narración de los últimos días de Daniel Zabalegi (alter ego del personaje histórico Angel Otaegi), un etarra condenado a muerte y fusilado en 1975. El segundo narrador es el filólogo Iñaki Abaitua, quien intenta reconstruir los hechos citados en forma de novela; por último, todo lo anterior es contado por un narrador externo.
El tema de la novela es el terror y la soledad absoluta sentidos ante la inevitabilidad de la muerte. El mismo terror que se le contagiará a Iñaki Abaitua y le impedirá terminar su narración. No obstante, como dice Aldekoa no sin cierta ironía, el fracaso del filólogo es la victoria del novelista.
La novela Bihotz bi. Gerrako kronikak está escrita con una estructura y un tono menos grave que la anterior. La narración de las desavenencias entre los miebros de un matrimonio se entrecruzan con el recuerdo de algunas escenas de la guerra, si bien el final de la historia se anticipa desde el inicio: cuando el marido, narrador en primera persona de la historia, se entera de que su mujer le ha sido infiel y la mata arrojándola por la ventana. Como ha quedado dicho, la narración de los conflictos y diferencias de la pareja se entremezcla con los recuerdos de anécdotas de la guerra que el narrador y sus amigos reiteran una y otra vez, estableciéndose así un paralelismo entre las dos guerras.
Sin embargo, la narración se desarrolla en clave de comedia, quizá, como sugiere Aldekoa, porque se trata de una parodia de las novelas de adulterio del siglo XIX. Con todo, en opinión del mismo crítico, tras esta comicidad se esconden la falta de comunicación y la soledad de la vida marital. Olaziregi, por su parte, mantiene que esta novela es una confesión mediante la cual el narrador busca la complicidad del lector; para ello, los sucesos conflictivos se repiten una y otra vez, detallada y obsesivamente.
Del volumen Gorde nazazu lurpean puede decirse que es una novela de novelas, en la medida en que reúne cinco narraciones autónomas que pueden ser consideradas como sendas novelas cortas: "Gudari zaharraren gerra galdua", "Rossetti-ren obsesioa", "Marcel Martinen aitatasun ukatua (edo, 'la femme, elle, sait')", "Bi bihotz, hilobi bat" y "Asaba zaharren baratza". El elemento que dota de unidad a los cinco textos es la exhumación de otros tantos cadáveres. Tal y como afirmó el autor en el acto de presentación de la obra, tres de los textos están basados en hechos reales: el de Elizabeth Eleanor Siddal, esposa del poeta y pintor prerrafaelita Rossetti; el del cantante francés Yves Montand y el de Sabino Arana. No obstante, en opinión de Olaziregi, lo que Saizarbitoria desentierra realmente son dos obsesiones: la Guerra Civil española y las tormentosas relaciones entre hombres y mujeres.
En el texto titulado "Gudari zaharraren gerra galdua", se narran los trámites interminables que tiene que realizar ante notario para recibir la indemnización que le corresponde legalmente un gudari que perdió una pierna en la guerra. Al mismo tiempo, es un ejercicio de memoria sobre la contienda llevado a cabo por el gudari, en oposición al discurso práctico del notario. El final de la historia despoja de toda heroicidad al discurso del gudari. Este capítulo de Gorde nanazu lurpean fue el primero en ser publicado de forma autónoma.
"Rossetti-ren obsesioa" es, en opinión de la crítica, la mejor de las cinco narraciones. El protagonista de la misma se encuentra en la tensión amorosa entre dos mujeres muy diferentes. Por un lado está Eugenia, una mujer que disfruta con el sexo duro y los juegos eróticos; y por otro está Victoria, una mujer elegante y culta, que en ocasiones parece carecer de deseo sexual. Cada una de ellas descubre las facetas más mezquinas del protagonista, como si de sesiones de psicoanálisis de tratara: una de ellas le hace notar que está corrompido por el ideario del nacionalismo vasco; la otra le reprocha, por un lado, una mezquindad comparable a la de Rossetti y, por otro, esa melancolía de perdedor tan inherente a los vascos. Este texto fue el segundo que se publicó de forma autónoma.
"Marcel Martinen aitatasun ukatua" y "Bi bihotz, hilobi bat" son dos narraciones sobre otras tantas desafortunadas relaciones de pareja. La segunda de ellas podría considerarse como una nueva versión de la novela Bihotz bi. Gerrako kronikak, pero en esta ocasión con los roles de los protagonistas intercambiados: es Flora la que reniega de su marido, y éste se descubre totalmente incompetente para cualquier otra relación. "Bi bihotz, hilobi bat" fue el tercer texto que se publicó como un volumen independiente.
El texto titulado "Asaba zaharren baratza" gira en torno a la exhumación del cuerpo de Sabino Arana, en otra narración de ambiente bélico. Su título tiene como hipotexto un conocido poema de Lizardi.
En cuanto a la única obra que ha escrito Saizarbitoria para el público juvenil, Kandinskyren tradizioa, el autor continúa con su particular investigación de las relaciones de pareja insostenibles, esta vez enfocada en unos jóvenes adolescentes. El motor de la narración, contada por Miren, es una anécdota rusa, y pronto resultará evidente la imposibilidad del amor entre una Miren romántica y sensible y un Aitor grosero y ausente.
Por último, en el ensayo breve titulado Aberriaren alde (eta kontra) Saizarbitoria posa su mirada crítica sobre la situación del euskera y la cultura vasca. A partir de anécdotas tomadas de la realidad cotidiana, critica la impotencia del euskera, el simulacro de la cultura vasca y el excesivo optimismo de las instituciones, entre otros problemas.