El actual suelo bajo navarro se halla poblado por el hombre por lo menos desde el paleolítico inferior, y concretando más, desde el musteriense. El investigador Saint-Pèrier dio a conocer un hacha de cuarcita hallada en el yacimiento de Isturits. Este es uno de los más importantes del país vasco bajo todos los conceptos. Aquí fue encontrada una mandíbula humana de la raza de Neanderthal junto con huesos del hombre de las cavernas y varios animales. En otro de los yacimientos, el de Harixtoi (Saint-Martin de Arberoa) se han encontrado también objetos del paleolítico medio. La industria de Isturits, a base de pedernal, ofrece semejanzas con la de Olha, en Cambo (Lapurdi). La primera fase del musteriense de Olha se le llama Vasconiense. De Isturits son también trozos de ocre amarillo que dan a entender que los hombres de este tiempo pintaban su cuerpo como otros pueblos prehistóricos. El testimonio de vida humana continua ininterrumpidamente hasta el presente. Del paleolítico superior es un hueso de ave en el que se halla representado un caballo echando relinchos expresados con trazos debajo del morro. Algunas palabras del vascuence bajonavarro parecen recordar la edad del hielo: leihor "muro", "refugio", "cobertizo", "alberge" y leio "ventana" ya que lei es "hielo" incluso en vizcaíno, leira "costra de hielo" y lera (N.G.L) "trineo", "narria", "deslizador". El mito de Mari se presenta en Bidarray como un torso humano. Las cuevas y yacimientos superopaleolíticos más importantes de la Baja Navarra son los dos citados de Isturits y Harixtoi.
Geográficamente podían incluirse además las de Berroberria (Urdax) y las de Lexotoa y Sorgin-Leze (Zugarramurdi). La de Isturits llamada también de San Martín de Arberoa y muy cercana a la caverna de Harixtoi, es el yacimiento prehistórico más importante de la región que describimos. Fue descubierto en 1895 por buscadores de fosfato y explorado por los especialístas Passemard y Conde de Saint-Périer. Sus estratos, a partir de la superficie, van desde una capa de tierra de aluvión con cerámica de la edad media hasta el más profundo con industria musteriense. En el más antiguo nivel auriñaciense se encontró un hueso de ave perforado al modo del txistu o flauta vasca actual. El arte mobiliar es abundante. Ya del solutrense proceden una figura de caballo grabado sobre una placa de piedra, además de figuras en relieve de bulto, como un felino hechizado, una cabeza de caballo, otra de oso y una grupa de bisonte que también pudiera ser de elefante y, en bajorrelieve, un reno agonizante y otro muerto además de bisontes y renos heridos con flechas. Muy interesantes, también, las cabezas de liebre, un ave, y un ciervo grabado sobre una plaquita de piedra. Hay, además, representaciones de la foca, el salmón, la serpiente, un roedor, cabezas de caballos en perspectiva, esculturas parietales, una cabeza de caballo en actitud de relinchar grabada en hueso, una buena colección de grabados en hueso y cuerno de cabezas de bóvidos, renos y cabra montés. Las figuras antropomorfas ofrecen gran interés. Varias esculturas y grabados de contornos recortados de caballo, reno, oso y bisonte son notabilísimas. Enigmática, una cabeza de caballo en ámbar.
Tales son algunos detalles del extraordinario yacimiento de Isturits. La cueva de Harixtoi, situada a pocos metros de la de San Martín de Arberoa, es un yacimiento prehistórico descubierto al mismo tiempo que la cueva en 1929 por M. Etchegaray vecino del molino de Harixtoi. Se han encontrado pedernales de facies magdalenienses, cerámicas y cuentas de collar de la edad del bronce. En las paredes pueden apreciarse numerosas huellas de zarpadas de oso y algunas de mano de hombre. La cultura aziliense aparece desde Asturias hasta el extremo oriental pirenaico pasando por Isturits y la vecina región de Zuberoa. Monumentos megalíticos, cromlechs, "mairu-baratza", y dólmenes "treguarri", "armor", existen varios: un grupo de cinco cromlechs situados sobre la cumbre de Zeinegi (Ahaxe, Baja Navarra) en el barrio Bascassan. También podemos citar los de Elorta y Okabe, lugar éste último en el que se ha encontrado cerámica de la edad del hierro. En el valle de los Aldudes existen varios monumentos megalíticos, sobre todo en Zaho. Estos monumentos se encuentran, por lo general, en cumbres elevadas y peladas, mientras los dólmenes se construyen sobre los lugares de paso y más a media ladera que sobre las cumbres. En el país de Cize, cerca de San Juan de Pie de Puerto, se han identificado, entre 1952 y 1954, cinco dólmenes: Arrondo, Arxuita, ambos sobre el Jarca; tres en el valle de Mendibe: Gasteinia, Armiaga y Xuberasainharri y los cromlechs de Elorta y Okabe, lugar este último en el que se ha encontrado cerámica del hierro. Entre Aincille y Esterençuby está el de Buluntza sobre la cadena montañosa Handiamendy. En 1966 se descubrió el de Lutxi en el este de Jarra. Durante la edad del bronce aparecen algunas ollas o vasos, hechos a mano en Harixtoi y en la vecina cueva laburdina de Uriogaina, en Sara.
En las postrimerías de la edad de los metales los vascos están agrupados en tribus. Las fronteras norteñas de la tribu de los que se llamaron vascones por antomasia nos son desconocidas, pero, todo induce a pensar que esta región boscosa y accidentada, más tarde merindad de Ultrapuertos, se hallara habitada por gentes de esta misma tribu de vascos. De entre ellos pertenecen al actual territorio bajonavarro los osquidates (Ossés) y los bigerriones (Baigorry).
Probablemente, a juzgar por la variedad dialectal, eran ramas de los Vascones. Las minas de cobre y de hierro de S.E. de Baigorry fueron explotadas desde la época romana. En los autores griegos las tierras comprendidas entre el Ródano y Galicia se denominaban, según Julio César, ("Comentarios", I), Iberia. La Hispania, según el mismo testimonio, era la tierra de más allá del Ebro. El territorio bajo- navarro era entonces aquitano, ya que los galos tenían por frontera el río Garona.
"Sane cum antiquitus Iberie nomine intellectum fuerit quidquid est extra Rhodanum et Isthumun, quia Gallicis coarctatur sinibus, nunc eam Pyrena terminant, vocantque peculiaris nominis ratione Iberiam, Hispaniae nomine eam tancum accipientes, quae est infra Iberuma."
Según los testimonios de las inscripciones latinas de Aquitania el euskera sería la lengua de ese extenso territorio.