Fundación creada el 15 de mayo de 1941 por Jesús Francisco Fuentes Soria y Juan Sagüés Apesteguía, herederos fiduciarios de D. Santiago Ondarra Goicoechea, con el objetivo de alcanzar fines benéfico-sociales. Fue creada mediante escritura otorgada ante el notario Juan San Juan de Pamplona (Navarra), siguiendo instrucciones del propio Santiago Ondarra (1859-1932) y, en memoria de este personaje nacido en la localidad navarra de Iturmendi, le dieron el nombre de "Fundación Ondarra". Esta fundación contó con un capital inicial de 3.639.119 pesetas.
En el momento de su creación, el patronato fue compuesto por Jesús Francisco Fuentes Soria, por el párroco de San Nicolás D. Justiniano Arratíbel, por uno de sus hermanos, Rogelio Ondarra Goicoechea, y por Aniceto Muniain Olagüe. Su presidente fue Juan Sagüés Apesteguía.
La fundación tuvo una orientación sanatoria, y en un principio se dedicó a combatir las enfermedades óseas infantiles, iniciativa que había emprendido el Patronato Nacional Antituberculoso entre los años 1925-1930. Con este fin fue construido en el municipio de Biurrun-Olcoz, partido judicial de Pamplona, el edificio del que sería denominado "Sanatorio Ondarra". Concretamente está situado próximo al monte Eskibes (1.013 m.) de la Sierra del Perdón, junto al nacimiento del barranco San Martín y cerca del pueblo de Campanas. El edificio fue proyectado por Víctor Eusa y levantado por la empresa Erroz-San Martín. Se inauguró el 26 de julio de 1944 y entonces se nombró como director de este sanatorio al doctor Juan Lite Blanco. Este doctor fue asistido por García Remón, médico de Campanas, y también contó con la ayuda de las Hijas de la Caridad. La capellanía estaba a cargo de D. Clemente Fernández, coadjutor de la Parroquia de San Nicolás de Pamplona.
Los pacientes que acogieron eran principalmente niños tuberculosos o pacientes con enfermedades infecciosas.
Hacia el año 1958, gracias a los tratamientos mediante hidracidas, la tuberculosis ósea se consideró erradicada. Es entonces cuando la fundación reorienta su actividad, siempre dentro de su finalidad benéfico-social. El 25 de enero de 1958 fue constituido un nuevo Patronato en el que participaron varios miembros del Consejo de Administración de la Caja de Ahorros de Navarra (CAN) y se acordó destinar el edificio del sanatorio a colonias escolares para niños débiles, anémicos, convalecientes de enfermedades, etc., y carentes de recursos económicos. En general para niños con constitución débil, necesitados a su vez de descanso y de una buena alimentación.
El edificio fue reformado para acondicionarlo como residencia de verano y a partir del verano de 1961, con la Caja de Ahorros de Navarra al frente, el proyecto pasó a denominarse Colonia Escolar "Fundación Ondarra". La CAN asumió el déficit generado por la entidad y se comprometió a no alterar los fines de la Fundación ni el propósito de Santiago Ondarra.
El edificio, destinado a partir de entonces a colonias, tenía capacidad para albergar un centenar de niños. Por cada año se alojaron alrededor de unos 480 niños y, hasta el año 1971, al menos unos 4.760 niños llegaron a pasar en él parte de sus veranos.
A principios de los años 70 se paralizó esta actividad y alrededor del año 1975 el centro, que quedó bajo la responsabilidad del Gobierno de Navarra, se destinó, tras la firma de un convenio con la ya desaparecida Fundación "El Patriarca", a la rehabilitación de toxicómanos.
A los pocos años el edificio fue abandonado y quedó en estado de ruina. Asimismo fue objeto de pillaje.
Alrededor del año 1981 el Dr. José Javier Viñes, que era Director General de Sanidad y Bienestar Social de Navarra, recuperó la biblioteca del benefactor Santiago Ondarra y también su título de Licenciado en Medicina por la Universidad Central de Madrid (Santiago Ondarra había estudiado Medicina tras terminar la carrera de Farmacia). Su biblioteca estaba compuesta por cuarenta monografías, revistas de medicina y otras obras de carácter humanístico, las cuales suponen en su conjunto un compendio de los conocimientos del último tercio del siglo XIX. Las especialidades que tratan sus libros médicos son las siguientes: higiene, anatomía y fisología, anatomía patológica, patología quirúrgica, interna y terapéutica, enfermedades de la piel, medicina legal y toxicología, pediatría, filosofía médica, psiquiatría, obstetricia, etc. Entre ellos se encuentran manuales generales sobre terapéutica, práctica médica, homeopatía, uno específico sobre tuberculosis pulmonar, e igualmente cuenta con algunos libros sobre física experimental y aplicada a la meteorología, química y astronomía. Estos libros médicos, que se encontraban en el antiguo despacho de dirección del edificio, fueron incorporados al fondo de la Biblioteca General de Navarra.