Publicó poco y denso, en castellano principalmente (escueto y pleno de neologismos), aunque era euskaldun de nacimiento y conocía una multiplicidad de lenguas vivas y muertas. Sus temas primordiales fueron la Metafísica (incluidas Antropología y Cosmología) y el estudio de la Inteligencia (epistemología). Dejó alrededor de 50.000 folios correspondientes a los selectos cursos que impartía, varias grabaciones magnetofónicas y tres libros sin acabar. Dio clases de ética pero no parece haber escrito sobre ella acusándose su pensamiento en la obra de Aranguren. A los títulos ya señalados hay que añadir El Hombre y Dios (1984), obra esta última en la que Zubiri reivindica la actualidad de la Metafísica:
"En medio de la agitación de nuestro tiempo, puede afirmarse, sin miedo a errar, que por afirmaciones o por negaciones, o por positivas abstenciones, nuestra época, queriéndolo o sin querer, o hasta queriendo lo contrario, es quizá una de las épocas que más sustancialmente vive el problema de Dios".
También Estructura dinámica de la realidad (1989), Problema filosófico de la historia de las religiones (1993), Sobre el hombre, Sobre el sentimiento y la volición y artículos en revistas como la Revista de Occidente, Cruz y Raya, etc. (recopilación en "Realitas", 1974-1975). El I Congreso Internacional "Xavier Zubiri" se celebró en Madrid en julio de 1993. Su esposa, la escritora Carmen Castro, a la que muchas veces dictó sus pensamientos, fue el vector imprescindible de sus últimas publicaciones