En 1944 publica su primera gran obra Naturaleza, Historia, Dios, recopilación de importantes ensayos sobre las teorías contemporáneas y su aproximación a la deidad. La intelección de Dios no derivaría de un razonamiento especulativo ni de una prueba lógica sino de una opción de la voluntad.
"El fundamento nos atrae a sí, hace que accedamos a él, pero se trata de un acceso incoado; para que sea completo es necesario que nos entreguemos a Dios como fundamento, como fundamento último, en acatamiento, oración, sacrificio, súplica, en busca de refugio. Así se obtiene en filosofía un Dios que es idéntico al Dios de las religiones, del que no podrá decirse lo que se dice del Dios de los filósofos, es decir, que no cabe adorarle, ni rezarle, ni dedicarle una danza" (Alluntis, 1983).
A partir de 1945 ejerció durante 20 años la docencia por libre en Madrid patrocinado, en gran parte, por la Sociedad de Estudios y Publicaciones. En 1946 dictó un curso sobre "Lo real y las matemáticas: un problema de filosofía" en la Universidad de Princeton (USA) que contó con la asistencia de filósofos y científicos de gran talla. En 1951 Laín Entralgo, nuevo rector de la Universidad de Madrid (hoy Complutense), le propuso la vuelta a la cátedra, cosa que rehusó. Residía en verano en Hondarribia, donde trabajaba frente al mar, fuente de inspiración. En 1962 publica su fundamental Sobre la esencia cuyo instrumento metodológico personal denomina "logos nominal constructo". En 1963 da a la imprenta Cinco lecciones de filosofía e Introducción al problema de Dios. Cita con grandes intelectuales fue, desde 1969, la Conferencia anual "Jiménez Díaz" de Madrid. Al crearse la Universidad del País Vasco se le ofreció la cátedra de Metafísica, ofrecimiento que declinó por haber abandonado la Universidad definitivamente. La de Deusto le otorgó en 1982 el Doctorado Honoris Causa. En 1982 se le concedió, junto a Severo Ochoa, el Premio Ramón y Cajal a la investigación. Su última gran publicación en vida fue la trilogía Inteligencia y Logos, Inteligencia y Realidad, Inteligencia sentiente (1983). El pensar de Zubiri garantiza su acceso a la trascendentalidad; la inteligencia sentiente es la aprehensión, sensitiva, de la cosa aprehendida en el sentir. De la misma forma que la sensibilidad no es pura, ya que es tambien intelectiva, la razón tampoco es pura ya que es sentiente. Esta es la única forma, para él, de conciliar no silogísticamente metafísica y razón.