1944an Naturaleza, Historia, Dios bere lehen lan handia argitaratu zuen, teoria garaikideei eta jainkotasunari buruzko saiakera garrantzitsuen bilduma. Jainkoaren ulermena ez litzateke arrazoiketa espekulatibo batetik edo froga logiko batetik etorriko, baizik eta nahimenaren aukera batetik.
"Oinarriak beregana erakartzen gaitu, berarengana iristea eragiten digu, baina sarbide irekia da; osoa izan dadin, Jainkoa hartu behar dugu oinarritzat, azken oinarri gisa, men egitean, otoitzean, sakrifizioan, erreguan, babes bila. Horrela lortzen da filosofian erlijioen Jainkoaren berdin-berdina den Jainko bat, zeinari buruz ezin izango baita esan filosofoen Jainkoaz esaten dena, hau da, ezin dela adoratu, ezin zaiola otoitz egin, ezta dantza bat eskaini ere" (Alluntis, 1983).
1945etik aurrera, 20 urtez aritu zen irakasle, Madrilen, Sociedad de Estudios y Publicaciones elkarteak babestuta. 1946an "Erreala eta matematika: filosofiako arazo bat" izeneko ikastaroa eman zuen Princetongo Unibertsitatean (AEB), eta maila handiko filosofo eta zientzialarien laguntza izan zuen. 1951n, Laín Entralgok, Madrilgo Unibertsitateko (gaur egun Complutense) errektore berriak, katedrara itzultzea proposatu zion, baina ez zuen onartu. Hondarribian bizi zen udan, eta itsasoaren aurrean egiten zuen lan, inspirazio-iturri. 1962an, Sobre la fondo funtsezkoa argitaratu zuen, zeinaren tresna metodologiko pertsonalak "logos nominal constructo" deitzen baitio. 1963an inprimategiari Bost filosofia ikasgai eta Jainkoaren arazorako sarrera eman zizkion. Intelektual handiekin hitzordua 1969tik, Madrilgo "Jiménez Díaz" urteroko biltzarra izan zen. Euskal Herriko Unibertsitatea sortu zenean, Metafisikako katedra eskaini zitzaion, baina uko egin zion eskaintza horri, Unibertsitatea behin betiko utzi zuelako. Honoris Causa doktoretza eman zion Deustukoak 1982an. 1982an, Severo Ochoarekin batera, Ramón y Cajal Ikerketa Saria eman zioten. Bere azken argitalpen handia Inteligentzia eta Logoak, Inteligentzia eta Errealitatea, Inteligentzia sentientea (1983) trilogia izan zen. Zubiriren pentsaerak transzendentalitaterako sarbidea bermatzen du; sentipenezko adimena sentipenean atzemandako gauzaren atzematea da, sentipenezkoa. Sentsibilitatea hutsa ez den bezala, hori ere ulermenezkoa baita, arrazoia ere ez da hutsa, sentipenezkoa baita. Hori da, haren ustez, Metafisika eta arrazoia silogistikoki ez uztartzeko modu bakarra.