Noticias medievales. Es villa muy antigua, ya que se la cita en el Catálogo de San Millán. En aquella época existían dos pueblos en el lugar ocupado por Marquínez: Marquina de Arriba y Marquina de Abajo. Al unirse ambos formaron la población actual (Ref. Geografía General del País Vasco-Navarro, t. Álava, p. 470) Con el nombre de «Marquíniz» aparece registrada la villa entre las tierras de Álava en la Convención entre el rey Don Alfonso el Sabio y los caballeros de la cofradía de Álava con motivo de las aldeas que le cedieron a este monarca y Fueros que entre sí establecieron en Segovia el 18 de agosto de 1258. Según una escritura de venta, fechada el 27 de diciembre de 1349, Marquínez estaba sujeta al Señorío de los Ayala al ser comprada por D. Fernán Pérez de Ayala a Doña Leonor de Guzmán.