Secretario de Estado donostiarra. Hijo de Alonso de Idiáquez, fue ministro secretario de Estado de los reyes Felipe II y III durante muchos años. Fue además presidente del Consejo de Órdenes, Embajador en Génova y Venecia, Comendador Mayor de León, etc. En su tiempo promovió Don Juan varias mejoras para San Sebastián, entre ellas las primitivas fuentes y el nuevo plan del castillo de la Mota. Murió en Segovia el 12 de octubre de 1614, y su cadáver fue trasladado a su pueblo natal y sepultado en el Convento de San Telmo al lado de su padre.