Retirado a Valençay D. Fernando y recluido Escoiquiz en Bourges, el País Vasco queda sujeto al gobierno de José I al que acatan todas las autoridades tanto civiles como religiosas de las cuatro provincias ibéricas (Diputación de Vizcaya el 31 de mayo de 1808, el obispo de Calahorra el 9 de junio, por ejemplo). Pero las repercusiones del 2 de mayo madrileño y, en especial, las de la derrota de José I en Bailén el 19 de julio, no tardan en alcanzar al país. La sublevación vizcaína se alimentará del levantamiento norteño encabezado por el obispo de Santander Rafael Tomás Menéndez de Luarca que se alza el 26 de mayo, y contará con el auxilio fundamental del clero, sobre todo regular. Como sucediera en 1804, una turba descontrolada suplanta a las autoridades del Señorío legitimando a una Junta Suprema de Gobierno que el día 6 de agosto proclama al ausente Fernando VII y arresta y maltrata a los franceses establecidos en Bilbao junto con sus supuestos partidarios a los que denomina zamacolistas. En nombre de la religión católica, la patria española y "las propiedades religiosamente respetadas" (proclama vizcaína del 6 de agosto) se inicia en suelo vasco lo que luego la historiografía designará como "Guerra de la Independencia" a la que se suma el 27 del mismo mes la Diputación navarra. Durante la misma caerá en saco roto el proyecto napoleónico de reunificar las siete provincias vascas, proyecto que, desde 1806, se halla presente en los ambientes diplomáticos relacionados con el emperador de los franceses incluidos y es conocido por los de Godoy y Carlos IV. Rotas las hostilidades, las posibilidades desaparecen y la situación queda polarizada entre la minoría ilustrada partidaria de José I y la mayoría abocada a proclamar a Fernando VII, mayoría en la que, junto al clero y al absolutismo, puede verse también al futuro liberalismo vasco, parte de él representado en Cádiz.