Los veinte últimos años de la trayectoria artística de Bernaola están marcados por múltiples encargos, homenajes y reconocimientos. Obras como Variaciones concertantes (1985) nacen como primer encargo de la recién creada Orquesta Sinfónica de Euskadi. Rondó y ¡Tierra! (1992) son escritas, respectivamente, con motivo de la Capitalidad Europea para Madrid y la celebración del Quinto Centenario del Descubrimiento de América. De esta etapa destacan su cantata Euzkadi (1995), escrita para conmemorar el centenario del PNV; y el ballet La Celestina (1996), encargo del INAEM para el reinaugurado Teatro Real de Madrid. Por otro lado, es notable la presencia del compositor en la red de la industria cultural española. Además de ser consejero de la SGAE desde 1982, Bernaola ejercerá como vocal del Consejo Nacional de la Música, Consejero de Cultura de la Comunidad de Madrid, miembro del Consejo Asesor de Enseñanzas Musicales del Gobierno Vasco y del CDMC. En 1989 el Festival de Otoño de Madrid le dedica un concierto monográfico que incluye las obras Abestiak (1989), Impulsos, Nostálgico (1986), Sinfonía núm. 2 y Variaciones concertantes. Diez años después, el Festival de Música del Siglo XX de Bilbao, la Quincena Musical Donostiarra, la Fundación Juan March y el Auditorio Nacional de Música le tributan sesiones de similares características. En esta última década, Bernaola será galardonado con el Premio Nacional de Música (1992), la Medalla al Mérito en Bellas Artes (1998) y el Premio Fundación Guerrero (2001).
Entre 1981 y 1991 asume la dirección del Conservatorio de Música Jesús Guridi de Vitoria, centro del que también será profesor de Composición hasta 1994. Bernaola participa activamente en la construcción de un nuevo edificio que albergará instalaciones importantes de cara a la formación de generaciones posteriores, como el Laboratorio de Música Electrónica (1985). En él trabajan compositores como Bingen Mendizábal, Sofía Martínez, Zuriñe Fernández Guerenabarrena, Francisco Ibáñez Irribarria, Alfonso García de la Torre, Gabriel Erkoreka o Guillermo Lauzurika, todos ellos alumnos de Bernaola. Los testimonios acerca de sus clases hablan del contacto directo con la materia sonora y de una considerable permisividad estética, guiada por un sólido dominio en la escritura técnica. Estos rasgos, herencia de las enseñanzas de Julio Gómez y Goffredo Petrassi, se manifestarán a la postre en la diversidad de caminos que han seguido los numerosos alumnos del músico de Otxandio.
Dos características definen la última producción musical de Bernaola: una vuelta a cierta eufonía, abandonando la sonoridad disonante del lenguaje vanguardista de los años sesenta; y la utilización de citas y alusiones a repertorios históricos, dentro de la corriente denominada "músicas sobre músicas". Si bien los usos intertextuales se remontan a Relatividades (1971), homenaje al repertorio dirigido por Ataúlfo Argenta, son especialmente notables en las orquestales Villanesca (1978), Abestiak (1989) y Tiento (1999). En estas tres obras -reunidas bajo el epígrafe Monumento- Bernaola cita y glosa materiales de Francisco Guerrero, Juan de Anchieta y Sebastián Aguilera de Heredia respectivamente. Otras composiciones en esta línea son Béla Bartók-I Omenaldia (1981), Per a Frederic (1988), Pieza III "con De Falla", Clamores y Secuencias (1993) o Complutum (1998). El catálogo del compositor se cierra en 2001 con la pianística 2-2-2-2----80, dedicada a Ramón González de Amezúa; y la obra orquestal Fantasías, encargo del Festival Internacional de Música y Danza de Granada, a cuyo estreno no pudo asistir por problemas de salud. Carmelo Bernaola fallecería un año después en Madrid, el 5 de junio de 2002.