Las primeras iniciativas para la creación de un museo vasco partieron de la Societé des Sciences, Lettres et Arts de Bayonne que encontraron acogida en la villa laburdina; la idea de un museo vasco había surgido con anterioridad a 1914. Sin embargo, se concretaría en 1922 cuando el 9 de marzo de 1922 el alcalde Castagnet convocaba en el ayuntamiento a la directiva de la Sociedad citada y la proponía el organizar y administrar un museo con el apoyo de subvenciones municipales. El comandante Boissel se había encargado de emitir un informe y, el 3 de abril de 1922, la Sociedad aceptaba por unanimidad el encargo. Después de vencer diversas vicisitudes, tuvieron un edificio a su disposición para reunir los objetos y organizar las primeras exposiciones. Veinte meses más tarde, el 9 de diciembre de 1923, el museo era visitado por la Corporación Municipal, y el 5 de enero de 1924 por la Société de Sciences, Lettres et Arts que recorrió las primeras salas. En febrero el Museo abría sus puertas al público. Una lápida colocada a la entrada del edificio perpetúa la memoria del comandante Boissel, su creador y promotor.
El Museo, eminentemente de etnografía vasca, cuenta, en sus 2.000 m.², con secciones y salas dedicadas a mobiliario y vestuario labortano y navarro, a la makila, pesca y artes náuticas, tonelería, tejería, danza y brujería (abierta en 1944). Secciones especiales son las dedicadas a objetos religiosos y funerarios, el denominado "Museo de la pelota", la reconstrucción de una venta, así como diversas habitaciones tradicionales como cocina y dormitorio, y la sala "De las tres B" (Bearne, Bigorre y País Vasco), fundada en 1937; todo ello con piezas desde el siglo XVI al XX. Cuenta también con sección prehistórica y varias salas dedicadas a la historia bayonesa: "Los israelitas en Bayona", "Sala del Castigo" (con escudos de la ciudad desde el siglo XII, monedas y billetes), "Jansenismo", "Sala de los Escritores", la dedicada a la Revolución francesa y la sección de historia decimonónica. Gabinete cartográfico (piezas desde el siglo XV al XX). Dependiente del ayuntamiento y de la Dirección de Museos de Francia.