Había compuesto y cantado una hermosa serie de canciones -hoy tradicionales- de las cuales las más conocidas son: Ume eder bat ("Una bella criatura"); Zibillak esan naute ("Me han dicho los guardiaciviles"); Agur Euskalerri-ari ("Adiós a Euskalerría"); Gitarra zartxo bat da ("Una pobre guitarra"); Nere etorrera lur maitera ("Mi vuelta a la amada tierra") ("Cancionero Vasco " Manterola 1877, I, p. 51-60); Biba Euskera ("Viva el Euskera") ("Cancionero Vasco" Manterola, 1878, II, p. 1); Nere Maitearentzat ("Para mi amada") ("Cancionero Vasco" Manterola, 1877, I. p. 1-12); Gernikako Arbola ("El árbol de Gernika") ("Cancionero Vasco" Manterola) 1878, III. p. 73); Nere andrea ("Mi mujer"); Ara, nun diran ("Ved ahí..."); Okendo. Muchas de estas canciones figuran en el Disco Philips, 33 1/3, adaptadas y cantadas por Patxi Andion con arreglos musicales de Rafael Ferro. Contiene: Nere amak ba leki; Gora Rioja; Nere etorrera; Gitarra zartxo bat; Trapu zaarrak; Ezkongaietan; Ume eder bat; Agur Euskal Erriari; Errukarria; Zu, maitea; Nere izarra; Oi nere zoragarria; Zugana Manuela; Gernikako arbola. La dirección artística fue de Alfredo Garrido y la supervisión euskérica de Luis Iriondo. En 1984 el tenor José Antonio Urdiain y la Orquesta Sinfónica de Euskadi graban, con la armonización de J. Bello Portu, un LP con las populares canciones.
La más célebre de sus canciones fue el Gernikako Arbola, himno-canción que llegó a extenderse rápidamente por toda la geografía vasca uniendo a todos los fueristas tanto de origen liberal como carlista e incluso a los nacionalistas.
En la discusión entablada en el Senado Español acerca de nuestros fueros en 1864, a consecuencia de los discursos antiforales pronunciados por Sánchez Silva, Pedro de Egaña, senador por Alava, se hizo eco en su contestación, de aquellos entusiasmos que despertaba Iparraguirre con el "nombre santo" de los fueros, y decía que él presenció en su pueblo un concurso de más de 6.000 personas, que al oír la estrofa que decía nosotros te adoramos oh arbol santo de Guernica, se quitaban todos las boinas y descubrían sus cabezas, electrizados por el mágico canto del trovador ambulante.
Durante la "gamazada" de 1893-1894 fue cantado por miles y miles de manifestantes a lo ancho de toda la geografía vasca, llegándosele a componer una letrilla en castellano (véase GAMAZADA).
Reapareció luego en todos los movimientos de reivindicación foral como el de 1917. En 1931 compartió, junto a La Marsellesa y a La Internacional, los honores de los que festejaban el advenimiento de la República, siendo considerado por los republicanos de todos los colores el himno vasco por excelencia.
Sin embargo, la apropiación del mismo por los carlistas bien situados durante el franquismo, hizo que parte de la población, la ubicada en la oposición al régimen, comenzara a expresarle su desafecto, lo que culminó en la adopción de otro himno, esta vez oficial, por el Gobierno Vasco (Vitoria).
En Iparralde, debido a su popularidad, fue tocado junto con la Marsellesa en las conmemoraciones anuales del final de la I Guerra Mundial. Sus sones se oyeron en el nacimiento de Enbata y en todas las ocasiones solemnes en las que se han congregado los vascos de Iparralde.