La más notable publicación histórica por años es la obra titulada Anales del Reino de Navarra, compuesta por el P. Joseph de Moret, de la Compañía de Jesús. Se le había nombrado cronista del reino en las Cortes del año 1654. Las licencias del M. R. O. Provincial y del Ordinario llevan las fechas de 19 de diciembre de 1676 y 22 de diciembre de 1683, respectivamente. El P. Moret no presentó compuesto su primer tomo hasta 1674, por primera vez, y 1677, por segunda. La Diputación del Reino difirió, por una u otra causa, su publicación hasta 1684. Es el único volumen que dejó perfecto e impreso el autor. Lleva una anteportada grabada. San Fermín y San Javier sostienen el escudo de Navarra. Trofeos guerreros al pie. Dos ángeles abriendo las cortinas para que se descubra el escudo. En la cartelera: Annales/ Del Reyno/ De Navarra. Al pie: Gregorius Fosinam Matritensis delineabit et sculpsit. Matriti, 1684.
A consecuencia de la muerte de Moret en 1687 debió continuar su labor el P. Francisco Alesón, de la misma Compañía y llenar las lagunas dejadas por Moret ya en el segundo tomo, publicado en 1695. El tercer tomo, publicado en 1704, fue corregido y ampliado por Alesón con Escolios y Adiciones. El cuarto es ya obra original de Alesón. Se publicó en 1709 subdividiendo en 10 libros que abarcan desde Carlos II hasta la muerte de Doña Leonor. El quinto apareció en 1715, año de la muerte de Alesón; estaba subdividido en 24 libros que comprendían desde la sucesión de Francisco Febo hasta los principios de la Compañía de Jesús.
Los Anales de Navarra se han editado después en otras ocasiones. La edición de 1756 fue mandada recoger por la Diputación y fue destruida por orden suya por hallarse salpicada de errores. Se debió al editor Miguel Antonio Domech y fue casi desconocida por los bibliógrafos. La de 1766, encargada también por la Diputación, la llevó a cabo Pascual Ibáñez corriendo a cargo de Joaquín Solano, jesuita lector de teología, que introdujo algunas pequeñas modificaciones. La edición más popular es la publicada en 1890 por Eusebio López de Tolosa. Consta doce tomos lujosamente presentados para las posibilidades de la fecha. El trabajo está dividido en tres secciones:
- a.-Anales del Reino de Navarra.
- b.-Investigaciones históricas de la antigüedad del Reino de Navarra.
- c.-Congresiones apologéticas sobre la verdad de las investigaciones históricas de las antigüedades del Reino de Navarra.
Este ingente trabajo abarca los periodos históricos comprendidos hasta el año 1526 y es de consulta obligada para todo investigador de historia vasca.