Partido político navarro creado mediante la fusión, en marzo de 1991, de EMK (Euskadiko Mugimendu Komunista-Movimiento Comunista de Euskadi) y la LKI (Liga Komunista Iraultzailea-Liga Comunista Revolucionaria). Puede considerarse sucesor de UNAI (generales de 1977 y parlamento foral de 1979), Aniz (elecciones municipales de 1979), Bai (municipales de 1983) y Auzolan (elecciones forales de 1983).
Se presentó a las elecciones de 1987 como agrupación. Apoyó a Herri Batasuna en diversas ocasiones (1982, 1986 y 1989 en las generales, 1987 y 1989 europeas) aunque marcando sus diferencias:
"Para HB el concepto de nación, hasta cierto punto, está por encima de la voluntad popular cuando hay un territorio en disputa, como es el caso de Navarra. Nosotros defendemos la vasquidad de Navarra pero con el visto bueno del pueblo navarro".
En 1998, Herri Batasuna -rebautizada como Euskal Herritarrok (EH), como marca electoral- abrió durante el Alto el Fuego de ETA un debate interno para extenderse al País Vasco continental (Iparralde) y ampliar sus apoyos sociales invitando también a Batzarre. Éste, integrado en EH consiguió un escaño para Milagros Rubio en las elecciones forales del 13 de junio de 1999.
Tras el fin del Alto al Fuergo (28 de noviembre de 1999) y la reanudación de la lucha armada por ETA (enero 2000), Batzarre abandonó dicho apoyo y la coalición EH. El proceso proseguirá con el nacimiento de un nuevo partido escindido de HB, Aralar, crítico con la estrategia de ETA. Los grupos Zutik y Batzarre rehusaron entrar en la nueva Batasuna.
En las elecciones forales y municipales del 25-5-2003, Batzarre obtuvo 21 concejales (5 en candidaturas unitarias) y un alcalde en 14 localidades, algunas de las más importantes de Navarra. Se presentó en poblaciones que suponen un 52,23% de la demografía navarra consiguiendo un 5,1%. Sin embargo, no entró en el parlamento ni en el ayuntamiento de Pamplona. Candidatos municipales y forales de Batzarre se habían mostrado dispuestos a ofrecer su apoyo al PSN en un posible Gobierno alternativo al de UPN si el partido de Juan José Lizarbe cumplía 25 medidas sin cuyo cumplimiento no le darían "cheques en blanco". No se dio el caso.
Luego, participó en la exitosa coalición Nafarroa Bai. Se sumó así a la candidatura formada por Aralar, EA y PNV de cara a las elecciones que se celebraron el 14 de marzo de 2004 y llevaron al Parlamento español a la periodista Uxue Barkos.
Sus figuras más emblemáticas son Milagros Rubio, Jesús Urra (ex EMK) y Sabino Cuadra (ex LKI).