Este instrumento musical, utilizado principalmente como acompañante del canto litúrgico en iglesias y monasterios, y aun como solista en intermedios de funciones religiosas, ha servido también a lo largo de la historia, partiendo de su utilización en la corte navarra en la Edad Media, como intérprete de música profana, sobre todo en forma de concierto desde la invención del órgano sinfónico a mediados del siglo XIX.
La existencia de órganos en Euskal Herria nos es conocida bien por la mención que en la documentación de catedrales, parroquias, iglesias, monasterios y conventos se hace de organistas, bien por la mención de los órganos mismos cuyas construcciones y reparaciones conocemos, sobre todo, a partir de abundante documentación sobre sus constructores u organeros. No obstante, es éste un campo de investigación monográfica no suficientemente realizado sobre libros de fábrica todavía existentes e imposible de realizar en muchos casos por haber desaparecido muchas de estas fuentes de información. Hay que tener además en cuenta que estos libros se empezaron a redactar a mediados del siglo XVI, por lo que la información anterior ha de buscarse en otro tipo de documentos no tan precisos. Un tipo de documento, si así puede llamarse, es la iconografía que nos revela la existencia de órganos portátiles, todavía simples y primitivos, en las portadas de algunas catedrales o iglesias, como es el caso del ángel con órgano portátil de la catedral de Pamplona, del siglo XII. Sabemos que muchas de las artes, en su versión románica o gótica, fueron introducidas en nuestro país por el Camino de Santiago, con cuyos romeros nos llegaron organeros flamencos, franceses, italianos, alemanes y catalanes quienes hicieron las primeras construcciones de órganos. Hasta el primer tercio del siglo XVI no aparece nominado un organero del país, Juan Martínez, de Cascante, quien se hizo cargo de los reparos del órgano de la catedral de Huesca. Mucho antes tenemos constancia de la existencia de órganos, sobre todo en Navarra. En 1361 había dos órganos en Sangüesa y en 1395 uno en San Miguel de Estella.
Por estas fechas, a finales del siglo XIV, vivían en Pamplona Nicolau Porschin "juglar de órganos" y Materna "menestrel de órganos". En 1401 el catalán Jaime Lorach construyó el órgano de la Capilla Real de Pamplona y poco después, en 1413, Bernard Norduch arregló los "órganos grandes y chicos" que había en el palacio real de Olite. Este mismo parece ser el Bernat que aparece como "fabricant d'orgues" en Pamplona en 1427. En 1439 la corte navarra contaba con el "sonador de órganos" Esperambou. Pero no sólo los reyes contaban con órganos y organeros en Navarra, ya que en la catedral de Pamplona aparecen inventariados dos órganos en 1461. Algunos años antes, en 1448, se habían quemado los órganos de Mondragón, según testimonio de Garibay, instrumentos que para 1507 habían sido repuestos pues en esa fecha contamos con Martín Ibáñez de Echebarria "buen sonador de órganos" en esa villa guipuzcoana. Y no es éste el único caso fuera de la corte y capitalidad de Navarra ya que en 1485 era organista de Azpeitia Juan López de Larrutaren, fecha en la que se construye un órgano en la iglesia de Santa María de Tudela. Tres años después, en 1488, aparece con taller en Vitoria el organero Domingo de Castelbón, quien en 1490 construye el órgano de San Bartolomé de Olaso en Elgoibar (1497), pero es todavía fundamental la organería extranjera pues en 1507 se mencionan en Lezo los órganos traídos de Flandes.