La Guerra Civil después de la caída de Bilbao (1936-1937). En Santander, la Marina de Guerra vasca tuvo que ceder sus barcos a las Fuerzas Navales del Cantábrico y parte de sus tripulaciones fueron sustituidas por santanderinos. A su regreso a la Península también desembarcaron la mayoría de las tripulaciones vascas del Císcar y José Luis Díez, volviendo a embarcar sus antiguas dotaciones. Estos destructores aún sostuvieron algunos encuentros más con buques franquistas (10 y 11-8-37) sin resultados significativos. La pérdida de Santander en agosto y la de Asturias en octubre terminó con la guerra en el Cantábrico. De los buques republicanos escaparon a Francia el C-4 (29-8-37) y el C-2 (1-9-37) y a Inglaterra el José Luis Díez (31-8-37) y fueron hundidos en Gijón, por la aviación, el C-6 y el Císcar (18 y 19-10-37), escapando a Francia sus tripulantes en el Torpedero 3 (20-10-37). Los buques de la antigua Marina de Guerra vasca pasaron a Francia en agosto, salvo algunos dragaminas que lo hicieron en octubre después de limpiar minas en Santander y Asturias; en Francia quedaron internados hasta el fin de la guerra. Los submarinos regresaron a Cartagena en 1938. También lo intentó el José Luis Díez, una vez reparado en La Havre. Salió de allí el 20 de agosto de 1938 con una tripulación renovada en la que la mayoría de los oficiales y buena parte de la tripulación eran vascos. Pero el barco fue interceptado siete días después en el Estrecho por la Flota franquista y obligado a entrar en Gibraltar. Al intentar salir fue interceptado de nuevo y obligado a embarrancar (30-12-38). Muchos vascos, especialmente oficiales mercantes, sirvieron en los buques de la Armada republicana y participaron con ellos en las operaciones que tuvieron lugar en el Mediterráneo, en el hundimiento del Baleares, en las acciones de los submarinos, ... De todos los buques de la Marina de Guerra republicana hubo uno en el que la mayoría de la tripulación era vasca, el Tramontana. Era un antiguo barco de la PYSBE enviado del Norte al Mediterráneo para realizar una misión muy especial, trasladar oro del Banco de España desde Cartagena a Marsella para pagar las compras de armas. Hizo cuatro viajes de este tipo en 1936-37 y luego fue empleado como transporte armado. En 1939 parte de su dotación se trasladó al yate Vita, también con mandos y tripulación vascas. Este barco fue el encargado de conducir a México el tesoro de la República en los últimos días de la Guerra Civil.