Funcionario real, natural de San Sebastián.
Fue secretario de los reyes Felipe III y Felipe IV, superintendente de fábricas y plantíos en la provincia de Gipuzkoa de 1610 a 1618 y en 1626 nombrado administrador general del nuevo derecho de lanas en los puertos de Gipuzkoa, Bizkaia y cuatro villas de la costa del mar. Denunciado por supuestas irregularidades en el desempeño de su función, salió indemne del procedimiento que se le instruyó, según puede verse en el fascículo 2.° de la Colección de Documentos Inéditos para la Historia de Guipúzcoa (San Sebastián, 1958). Se le atribuye un Discurso sobre el estado de la marina de España, y sus mejoras, que obra en la Colección Vargas Ponce, legajo 11.
De la bilbaína Mariana de Rober Salina y Arbolancha, Domingo de Echeberri tuvo, entre otros, a Juan, Jacinto Antonio y Juan Domingo de Echeberri Rober, excelentes hombres de mar. Los Echeberri o Echeverri tuvieron capilla propia en San Telmo de San Sebastián.
Ref. en C. Fernández Duro: Disquisiciones náuticas, t. V: A la mar madera, p. 288; A. y A. García Carraffa: Enciclopedia heráldica y genealógica hispano-americana, art. Echeverri); F. Arocena: Diccionario biográfico vasco, t. I: Guipúzcoa, San Sebastián 1963, p. 418.