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No se tiene ninguna noticia acerca de la primera fundación de este pueblo. ¿Corresponde a la Segisama del tiempo de los romanos? La memoria más antigua que se tiene de su existencia es la escritura de anexión que en concepto de colación o universidad hizo a la vecindad de la villa de Segura en virtud de concordia celebrada el 12 de junio de 1384. Esta incorporación obtuvo la confirmación del rey Juan I en Avila el 2 de febrero de 1387, y de D. Enrique III en Madrid el 15 de diciembre de 1393. Las condiciones en que se verificó fueron en resumen las comprendidas en los capítulos siguientes (Gorosabel):

Tal fue el estado en que se conservó este pueblo desde entonces en adelante, aunque no dejó de tener algunas cuestiones con el concejo de Segura, particularmente sobre el ramo de contribuciones. Asociado en el año de 1614 a otras aldeas, solicitó su separación de aquélla, y en efecto el rey D. Felipe III le hizo la merced de villa de por sí con jurisdicción civil y criminal, mero y mixto imperio en virtud de privilegio despachado en Madrid a 4 de febrero de 1615. Para la consecución dé esta gracia tuvo que contribuir a la real hacienda con 85.615 reales, correspondientes a los 310 vecinos que se le computaron por el juez de comisión enviado por su majestad para su cumplimiento, licenciado Hernando de Ribera. Cegama constituyó su gobierno municipal con un alcalde ordinario, dos regidores y un síndico procurador general, y en el mismo año tomó posesión de asiento en las Juntas provinciales. Sin embargo, por la cortedad de sus medios se vio obligada a formar unión para la concurrencia a éstas con otros cinco pueblos en el año de 1637. A su terminación formó nueva unión con sólo Mutiloa en el de 1679, y después con ésta e Idiazabal en los de 1691 y 1708, como queda también tratado en el mismo.

Desde que se cumplió el término prefijado en la última quedó disuelta la unión formada en ella, y la villa de Cegama envió desde entonces a las juntas generales y particulares de la provincia su apoderado peculiar. En 1860 el gobierno municipal de esta villa, con arreglo a la ley de ayuntamientos de 8 de enero del 1848, se componía de un alcalde, de un teniente de alcalde y seis regidores. Pertenece a las parzonerías de los montes de Altzania, que son de jurisdicción común, con las villas de Segura, Ceráin, Idiazabal y otras de Alava. Era la última población que los peregrinos de Santiago encontraban al final del valle del Oria en su recorrido de Bayona-Burgos de la Ruta Compostelana del Interior. El 21 de mayo del año 1812, la división de guerrilleros de don Francisco Espoz y Mina vino a Cegama, procedente de Echarri-Aranaz, de donde había salido ante la proximidad de una columna francesa mandada por el general Abbé.

Venía con los guerrilleros don Francisco Cruchaga, que había sido herido en Gipuzkoa gravemente, teniéndosele que amputar el brazo izquierdo y la mano derecha. Una vez realizada la operación, Espoz y Mina ordenó que se le trasladara a la sierra de Aralar, pero el bravo guerrillero murió el 30 de mayo en Echarri-Aranaz. En enero del año 1813, seiscientos guerrilleros de la división de don Francisco Espoz y Mina pasaron por Cegama, procedentes de Deva y Zumaya. Los guerrilleros acarreaban en 400 caballerías dos piezas de batir y gran cantidad de vestuario y municiones recibidas de naves inglesas. Se dirigieron a Estella, cubriendo en tres días la distancia entre Zumaya y Estella. Fue en Cegama donde murió también Zumalacárregui, a consecuencias de la herida recibida el 15 de junio de 1835 durante el asedio de Bilbao. Acogido por unos parientes, operado de emergencia por Gelos, Boloqui y Petrikillo, moría a los 9 días de la intervención. En las elecciones a Diputados en Cortes del 16 de febrero de 1936, que dieron la victoria al Frente Popular en España, se emitieron en esta localidad los siguientes votos, según datos del PNV:

La segunda vuelta dio el siguiente resultado:

Villa, independiente, 37 fuegos.

AAA