Físico de origen navarro hijo de Francisco Yndurain Hernández.
Licenciado en Matemáticas (1962) y Doctor en Física (1964) por la Universidad de Zaragoza. Catedrático de Física Teórica (1968) desde 1972 lo es de la Universidad Autónoma de Madrid; ha sido vicerrector y decano de la Facultad de Física. Miembro del "High Energy Phisics Board" de la Sociedad Europea de Física, de la que fue fundador y del Comité de Política Científica del Laboratorio Europeo de Física de Partículas (CERN). Autor de obras como Quantum Chromodynamics (1983), Mecánica cuántica (1988) o Mecánica cuántica relativista (1989). Académico numerario de la Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, ingresó el 29 de mayo de 1996 con un discurso sobre Espacio, Tiempo, Materia. Miembro asimismo de la Academia Europea de Física.