Tras embarcar en Sevilla, llega con 24 años cumplidos (Zudaire: 1980) a Cartagena de Indias en 1545, cuando ya su hermano Miguel, el primogénito había heredado la torre de Ursúa. Acompaña a su primo -o tío- el licenciado Miguel Díez de Armendáriz, gobernador de Nueva Granada. En calidad de lugarteniente suyo en Santa Fé, toma posesión imponiendo su autoridad por medio de destituciones y encarcelamientos de gobernantes locales a fin de hacer cumplir las leyes de Indias. Participa en el aplastamiento de la rebelión de Gonzalo Pizarro (1546-1548).