Gorabehera handiko etapa izan zen. Fundatzaileak esleitutako errenten balioa pixkanaka gutxitzeari bat, XVIII-XIX. mendeetako plan akademikoen konplexutasun handiagoa eta irakaskuntza tekniko-zientifikoa gehitu behar zaizkio. Unibertsitateak Oñatiko Udalaren -eraikina eraiki eta 500 dukat ordaindu zituen- eta foru botereen dirulaguntza eskatu behar izan zuen. Oñatiko Unibertsitateak 1767ra arte Filosofiako bi irakasle eta Teologiako beste bi gehitu ahal izan zituen urtero. Garai honetako ikasle ospetsu bat Camino historialaria izan zen, ondoren bertako katedraduna eta errektorea.
XVIII. mendearen bigarren erdian, Ilustrazio betean, ekonomikoki lur jota zen Unibertsitatea. Beraz, ezin zen mantendu eta are gutxiago hedatu. 1767an lau katedra baino ez zituen ematen: bi legetakoak, bat kanonetakoa eta bat teologia moralekoa. Ikasleek eta irakasleek desertatu egiten zuten Unibertsitate handiak hobetsiz, hauek botere zentralak babestuta, bereziki 1770eko Errege Aginduan, zeinak kintetatik salbuesten baitzituen Valladolid, Salamanca, Alcalá, Santiago, Oviedo, Sevilla, Granada, Cervera, Huesca, Zaragoza eta Valentziako graduatuak, gainerakoak desagertzera kondenatuz. Bestalde, euskal mezenasak ere ez ziren oparoak izan, Lizarraldek dioen bezala:
"Oñatiko familia dirudunek, oro har, herrialdeko familiek bezala, beren ondasunen zati bat utzi nahi izan zuten oroimen erlijiosoetarako; XVI eta XVII kristau karitateko erakunde handiak dira gure aberrian. Baina karitatea nahiko zuhurra ibili zen garai hartako erakunde onuragarrienetako bat zenarekin ".
Baliabide falta eta unibertsitateko irakaskuntzaren ikuspegi tradizionalista, berrikuntza ilustratuen aurrean oztopotzailea, izan ziren bere gainbeheraren arrazoiak. 1771ko unibertsitate-erreformak, Iratxeko Beneditarren Unibertsitatearen gainbehera suposatu zuenak (Arteak, Teologia eta Medikuntza) eta Iruñeko Santiagokoa -domingotarrena- ixteak, estuasun batean jarri zuen Oñati. Unibertsitateko errentei eta katedrei buruzko 1771ko txosten batek argi uzten du haien egoera:
"Unibertsitateak eta Ikastetxeak dituzten funtsak, Jauna, berberak dira inolako bereizketarik eta bereizketarik gabe, eta beren errentez osatu duten planagatik Gure Gorentasunaren irakaspenik handienerako ondorioztatzen da, Errege Fakultatearen bertutez hiribilduak hiru katedraren mantenurako Institutako bi eta 1761ean sortu zen Teologia moraleko bat laguntzen dituen sei mila eta hamahiru errealak, Teologia Eskolastikaren lauetatik kanporatutako erregularrei eta Filosofia utzikeriagatik bananduta, eta irakaskuntza publikoari begiratu ez ziotenez, haien errenta guztiak 22.949 errealekoak dira, eta hogeita hamabi marabedi. Horietatik 8.125 zazpi katedratikoen soldatak ordaintzeko bideratuta daude. Hau da, bi Instituta zibilerako; beste bi Zuzenbide kanonikorako; bat Teologia moralerako, eta beste bi Filosofiarako. 2.125 Maiordomoarentzat, familia-idazkariarentzat, Aguazilarentzat, Medikuarentzat, Zirujauarentzat eta sukaldariarentzat. Sorospenaren 850eko ordainsaria eta Kaperaren gastuetarako 4.000koa, ogasunen aparteko eragozpenak; olioa elikagaia, argi, egur eta gainerako egokitasunenak, unibertsitateko ikasle katedratikoei soldata motzagatik laguntzen diena, eta 7.894 erreal eta 32 marabedi soberan geratzen dira haien onurarako, haien errentak kobratzeko egin behar diren eginbide judizialak ordaintzeko. Azken 6.013 errealak izan ezik, horiek, hiribilduaren partaidetzak sortzen baititu. Eta funts horiek zentsuak, sustrai-ogasuna eta Caracasko Errege Konpainiaren aurkako akzioak dira ".
Botere zentralaren, Erresumaren eta euskal probintzien arteko garai txar berezi baten ondorioz, XVIII. mendearen azken herenean interes handiko bi egitate daude: foru-botereak Unibertsitatearen finantzaketan sartzea eta Frantziako okupazioa.
• 1772-1777ko erreformak
Urte hauetan lehen aldiz esku hartu zuen foru-botereak Oñatiko Unibertsitatearen finantzaketan. Laguntza horri esker, 1.500 erreal Euskal Herriko probintzia bakoitzean, Errege Zuzenbideko katedrak, Erresumako Legeak, Kontzilio Orokorrak eta Nazionalak eta Zuzenbide publiko naturala eta jendearena eratu ziren. 1777ko otsailaren 15eko Errege Dekretu batek goi-mailako graduak emateko baimena eman zuen berriro. Baimena hiru Diputazioen, Oñatiko Udalaren eta Unibertsitate beraren etengabeko kudeaketei esker lortu zen, eta, gainera, Zumaldek (1968) dioen bezala, Euskalerriaren Adiskideen Elkarteak eta Peñafloridako Kondeak Gortean egindako esku-hartzeari esker. Izan ere, dakigunez, Bergarako Seminarioa unibertsitate bihurtzeko lanean ere ari ziren, baina askoz ere gaurkotuagoa eta modernoagoa zen. Lehen klaustroa honako lizentziatu hauek osatu zuten: Domingo de Ibarrola jauna, errektorea; Juan Francisco de Inurrigarro jauna, Mateo Jose de Areizaga jauna, Jose Antonio de Aguirre jauna, Francisco Antonio de Lizarra jauna, Tomas de Saratxaga jauna, Tomas de Zaballa jauna eta Francisco Javier de Urtaza jauna. Horrela, 17 urtez, gure erakundea penintsulako unibertsitate garrantzitsuenetako bat izan zen.
• Zatiketa Frantziako okupazioarekin
Herrialdearen okupazioak eta bertako errektore-klasearen banaketak eragina izan zuten Unibertsitatearen bizitzan; 1794ko azaroaren 23an klaustroaren zati bat Gasteizera lekualdatu zen, benetako baimenarekin, zenbait ikaslerekin batera. Horrela, Gasteizen eta Oñatin eskolak eman ziren gerrak iraun zuen hilabeteetan, eta, gerra amaituta, ikastaroak -Legeen, Kanonen eta Filosofiaren fakultateak- ohiko egoitzan hasi ziren berriro. Zuzenbide publikoko katedra, naturala eta jendearena, 1794ko uztailaren 31ko Aginduaren bidez ezabatu zen, neurri orokor gisa. Ondorioz, Ikastetxe-Unibertsitate honetako katedrak aipatutako gainerako katedretara mugatu ziren.