Errege Katolikoek judutartuen aurkako Sixto IVaren bulda jarri zuten indarrean (1478). Horren ondorioz, Inkisizioari ateak zabaldu zitzaion eta garai hartan nabarmendu zen Torquemada, 1483an Inkisidore jeneral izan zena. Espainiako Inkisizio Santuaren Kontseilu Gorena Madrilen lekutu zen. Aita Santuaren izenean erregeak izendatutako Inkisidore jenerala zen 6 inkisidorek osatzen zuten kontseiluko nagusi; horietako 2 Gaztelako Kontseiluko kide ziren. Kontseilu horren mende zeuden hurrengo auzitegiak: Toledo (gerora C. Real), Sevilla, Valladolid, Granada (gerora Jaen), Kordoba, Murtzia, Llerena, Cuenca, Santiago, Kalagorri (gerora Logroño), Zaragoza, Bartzelona, Santa Cruz de Tenerife, Valentzia eta Mallorca. Auzitegi bakoitza 3 inkisidorek, 3 idazkarik, aguazil nagusi batek eta 3 jasotzaile, kalifikatzaile eta kontsultorek osatzen zuten. Ortodoxia katolikoaz arduratzeaz gain, fedearen esparrutik at zeuden kontuen ardura ere haiengan zegoen, esate baterako, medikuntza eta farmazia, eta, orokorrean, egiteko zientifiko oro haien ardurapean zegoen. Frantzian, aurrerago ikusiko dugun moduan, garai hartan organismo horrek ez zuen indarrik. Euskal Herrian, Erdi Aroan ez zen inkisizioaren auzitegirik izan. Herrialde guztian auzitegi zibilak arduratzen ziren heterodoxia eta sorginkeria zakarrez.