Institución fundada en Donostia-San Sebastián en 1953 con la finalidad de facilitar y estimular el estudio de los filólogos investigadores en el campo del euskara. Se organiza bajo la dirección de un patronato de la Diputación Foral de Gipuzkoa.
La fundación de este seminario nació al abrigo de la biblioteca de Julio de Urquijo, erudito y vascólogo fallecido tan sólo tres años antes. Este legado fue adquirido por la Diputación gracias a la mediación de su archivero Fausto Arocena. Asimismo la entidad nace bajo el impulso del catedrático de Lengua y Literaturas Griegas Manuel Agud Querol (1914-2004), del filólogo Antonio Tovar Llorente (1911-1985) y del escritor, lingüista, filólogo e historiador Luis Mitxelena Elissalt (1915-1987). Este último fue nombrado como su primer director técnico. Colaboró así mismo en su fundación José María Caballero Arzuaga, presidente que fue de la Diputación durante la década de los años 50.
Al año siguiente de su creación, el seminario patrocinó la publicación de la primera Gramática Vasca de Andoni Carmelo Urrestarazu Lanzabal, gramática que alcanzó gran éxito y que posteriormente fue reeditada en 1959 por la Editorial Auñamendi. La labor editorial de esta entidad no ha parado desde entonces. Desde 1967 publica un Anuario que es reconocido como una de las principales publicaciones científicas en torno a la lingüística y la filología, y en especial en torno a lingüística histórica vasca. En el año 2009 se editó su volumen número 43. El secretario de publicaciones de esta entidad es el investigador histórico y experto en genealogía, Julián Martínez Ruiz.
Además de la labor editorial, el seminario apoyó la celebración en Donostia-San Sebastián de las Fiestas Euskaras. Estas celebraciones, que duraban alrededor de una semana, reaparecieron a partir de los años 1950 y 1951 y pasaron a durar una quincena del mes de septiembre. Estas fiestas eran organizadas por el CAT (Centro de Atracción y Turismo) y patrocinadas por el ayuntamiento de la ciudad y por la diputación. También contaron con la colaboración de las Cajas de Ahorros Municipal y Provincial. Durante esa quincena se celebraban certámenes literarios y de danzas, juegos populares, teatro, sokamuturra, alarde de txistularis, concursos de arrastre y aizkolaris, de trajes, bolos, traineras, txalaparta, romería, bebidas, quesos, etc., y fueron durante los años de la dictadura, un importante movimiento de impulso a la cultura vasca y vasquista.
Tras la separación de Mitxelena y la muerte de Tovar en 1985, Manuel Agud continuó en solitario con su labor en el seminario, el cual ya había sido trasladado del edificio de la Diputación en la Plaza de Gipuzkoa al Centro Cultural "Koldo Mitxelena".