Eraikin noble honek gurutze latindar itxurako planta ohikoa du, erdian oktogono handi bat eta lau eremu kubiko mailakatu agertzen dituelarik. Nabearen lehendabiziko tartea luzatu egiten da korua bertan kokatzeko. Gurutzaduraren besoetan alboetako kaperak kokatzen dira. Burualdea erdizirkularra da. Parrokiaren egitura osoak erdiko oktogonoa du ardatz, beronen gainean kupula handi bat goratzen delarik. Barruko eremuen banaketa lau pilare triangeluar diganteek gauzatzen dute, bai eta gangaren handitasuna ere.
Mintzaira arkitektonikoan barrokotasunez mintzo da, Bilboko San Nikolas parrokian erabilitakoa gogoratzen duena. Kupulak bateratzen du barruko eremu guztia. Gorputz bikoitz oktogonala du eta petxina gainean sostengatzen da. Esfera erdia zortzi ataletan banatzen da. Estaldura-sistema konplexuak babesten du gainontzeko barruko tarte guztiak. Gurutzaduraren besoak, errektangeluarrak izanik ere, erdizirkuluan gangatzen dira. Burualderako, labe-ganga bat baliatzen da. Nabearen tarteetan kanoi gangak egokitu dira. Koruaren alboetako kaperek ertz-gangak estaltzen dituzte. Parrokiaren barruko argiztapena bi leiho handi termalen bidez egiten da, gurutzaduraren besoetan kokatuta.
Kanpoaldetik, tankera klasikodun eraikin soila dugu, harlanduzko lanaz egina. Kanpoko egiturari gailentzen zaio kupulako oktogonoa estaltzen duen kubo handia. Fatxada nagusiaren antolaketa atari handiaren inguruan gauzatzen da, harlandu zurizkoa eta erromatar ordena dorikoko pilastra bik eta lau zutabek osaturikoa. Klasizismotasun hau taulamendu batek eta, gurutze batez akabatutako frontoi triangeluar handiak osatzen dute. Alboetako dorreak harlandu txigortuez eraiki dira. Bi kubo prismatiko sendoek eragindako kontrastea ikus daiteke, ertzak indartzen dituzten harlanduzko kateekin. Bi dorreon akabera erlaitza molduradunaren bidez gauzatzen da. Ezkerreko dorreak, bi bao leihoburudun eta puntu erdiko leiho bat irekitzen dira. Eskuineko dorreak puntu erdiko hiru leiho agertzen ditu.
Kanpandorrea, eskuineko dorrean kokatutakoa, 1898.ekoa da. Harlandu grisez egin zen, Domingo Azebalen irudiari jarraiki. Gorputz prismatikoa agertzen du, bertan lau idi-begi irekita. Erlaitzaren errematea mistileneoa da, lau pinakuluduna. Kanpaien gorputza planta oktogonalekoa da, puntu erdiko zortzi hutsune dituela. Linterna txiki batek, kupulatxoak, bola eta haize-orratzak osatzen dute dorrea.
Parrokiaren barrualdean, mobleria zinez interesgarria gordetzen da. Erretaula nagusia, burualdean kokatutakoa, 1917.ekoa da. Ahur edo konkaboa delarik, absidearekiko moldatzen da, zutabe korintiarren bidez artikulaturiko bost kaletan antolatuta. Kale bakoitzean puntu erdiko horma-hobia zabaltzen da. Erdiko kalean sagrario monumentala aurkitzen da. Erretaula atiko batekin errematatzen da, taulamendu arranditsuaren gainean jarritakoa. Atikoa puntu erdiko horma-hobiaren bidez antolatzen da, pinakuludun frontoi zuzenean inskribaturik. Egitura osoa aingeru handi batez errematatzen da.
Erretaulako tailla-lanen artean, Jasokundearen irudia nabari da, estilo erromanistakoa, Martin Basabe eskultorearen lana. Eskultura hau, seguruenik, Atalaiako lehengo parrokiatik ekarri da. Epistolaren aldean, Sortzez Garbiaren erretaula kokatzen da, estilo neoklasikoduna, XIX. mendekoa, exedraren formari egokitua. Banku baten gainean egituratzen da kale hirukoitzeko gorputzaz, ordena mistoko zutabe ildaskatuek artikulatutakoaz. Erdiko horma-hobian, titularraren tailla barrokoa erakusten da. Erretaula taulamendu eta frontoi mistilineoen bidez errematatzen da. Toki berean kokatzen dira Bihotz Sakratuaren eta San Joseren erretaulak. Azken hau Pedro Belaunzaran trazatzaileak egina da.
Bi erretaulok estilo neoklasikoa dute eta XIX. mendekoak dira. Ebanjelioaren aldean, Arrosarioko Andre Mariaren erretaula gailentzen da. Traza hau ere Belaunzaran maisuaren lana da. Banku eta kale hirukoitzeko gorputzean antolatzen da, ordena korintiarreko zutabeek alboraturik. Errematea mistilineoa da. Titularraren, Santa Merzederia eta San Isidroren taillak agertzen ditu. Hiru irudiak Jose Alcoberro eskultorearen lanak dira. Egikera bertsukoa da Andre Maria Nahigabetuaren erretaula. Hau ere Belaunzaran eta Alcoberroren taldeak egina. Altzaria banku eta kale hirukoitzeko gorputzean egituratzen da. Ebanjelioan ere, San Joan Bataiatzailearen erretaula neoklasikoa dago, egile berberek egina. Antzekoa da erabilitako konposizio-eskema, kale hirukoitzeko gorputza banku gainean jarrita. Nabaritzekoak dira titularraren irudiak eta, era berean, San Roke eta San Sebastianenak. Toki berean, ertz-gangaren azpian, Arimen kapera kokatzen da. Bataiarri neoklasiko interesgarria dago bertan.
Dekorazio-elementuen artean, besteak beste, kupulako petxinetan eta tribunetan kokatutako fresko-pinturak nabaritzen dira. Pablo Uranga garaiko pintorearen eskukoak dira. Petxinetan ebanjelarien irudiak agertzen dira. Tribunen aldeetan, ordea, Kristoren Gurutze-Bidearen eta Azken Afariaren eskenak erakusteko baliatu dira. Koruan, organo neogotikoa ikus daiteke. XX. mendearen lehenengo erdikoa da, Lopez Alberdiren lana delarik. Parrokiaren beste areto batzuetan gordetzen dira parrokiaren jatorrizko planoak gordetzen dira. Silvestre Perez arkitektoak 1823.ean proiektaturiko solairu eta bistak ageri dira berorietan.
Areto kapitularrean kokatutako artxibo parrokialean, biblioteka garrantzitsua gorde da. Zenbait liburu parrokial, seguru asko, Atalaiako parrokia zaharretik ekarritakoak izango dira. Kronologiari dagokionez, XVII. mendetik XIX. mendera bitartekoak dira.
2008.ean, organoa zaharberritu zen, bai eta Bermeoko eraikin esanguratsu honen bestelako elementuak ere.