Pentsamendu heretikoen aurkako borrokak, halere, benetako triskantzak eragin zituen Euskal Herrian XIII. eta XIV. mendean: albitarren aurka Nafarroan, 1324an juduen kontrako sarraskia, eta, ospetsuena agian, Durangoko herexeak suntsitzekoa (1440-1450). Nafarroako konkistak (1512an hasita eta 1589an burutua),ostera, judu nahiz musulmanen aurkako lege gaztelarrak ekarri zituen Euskal Herriko hegoaldera: 1480koa Inkisizioaren Epaitegiak (Netanyahu, B. Los orígenes de la Inquisición. Barcelona: Paidos, 1995), isolamendu aginduak eta juderia nahiz mairutegietan bizitzeko beharra, 1492koa katoliko bihurtu ez ziren juduak erresumatik botatzeko eta 1502koa, katoliko izatera pasa ez ziren musulmanak uxatzekoa.
Kinka hartan Piriniotik beherako judu euskaldun gehienak Baionara bizitzera joan ziren.
Garai hartan (1491ean) jaio zen Loiolan Iñigo Oinazekoa, jesusen konpainiaren eta haren pedagogiaren fundatzailea. Gaztelaren alde borrokatzen, Iruñearen defentsan, zaurituta erori zen 1521ean eta, sendatze-aldian eginiko erlijio irakurketak bultzaturik, Jerusalemera joatea deliberatu zuen. Handik bueltan Alcala eta Salamancako unibertsitateetan ikasi zuen Parisera joan aurretik (1528) non filosofia doktoretza erdietsi zuen (1534). Han ezagutu zuen Jatsuko Frantses nafarra eta, beste lagunekin batera, berriz Palestinara joatea erabaki zuen. Honetan, halere, bidaia ezin zen berehala burutu eta Paulo III.ak, Erroman zeudela, "Jesusen Lagundia" izeneko ordenu berria onartu zuen (1540). Aipatu ordenu honek juduak onartu zituen eta pedagogian sekulako ekarpenak egin zituen didaktika lehiakorra hobetsiz, aristokrazia katolikoa heziz eta erreforma mota ezberdinen aurkako borroka teologikoan Aita Santuaren aldeko jarrera irmotasun handiaz defendatuz. Izan ere, 1550ean Julio III. Aita Santua hautatzeko egindako konklabean Loiolako Iñigok bost bozka eskuratu zituen. Berak fundaturiko hastapeneko Unibertsitate Georgiarraren eredura hamaika unibertsitate zabaldu dira munduan zehar eta hala berak idatzitako Eliza sentitzeko arauak nola Izpirituaren Egunerokoa pedagogia kristauan gehien erabilitakoen artean dago.
Garai bertsuko da Tuterako Migel Servet (1509 ?-1553) Erromanikotik Gotikora doan garaia (XII-XIII. mendeak) bezalako kultur etena suposatu zuen Luteroren proposamena (Weber, M. L'ethique protestante et l'esprit du capitalisme. Paris: Plon, 1964. Etika protestantea eta kapitalismoaren izpiritua. Gaiak. Donostia) berarekin batera gizakiaren aldarria baitator. Protestantismoak norbera, Biblia irakurriaz, bere moralaren jabe dela dio. Bera sortu aurretik kristautasun bertsio ia bakarra bazegoen ere, eta fedegabe guztiak islamdarrak, juduak edo barbaroekin bukatzen baziren, Luteroren oldartzeak erlijio gerrak ekarri zituen eta, haiekin batera, pentsamendu ezberdinengatiko jazarpen berria (Cipolla, C. Educación y desarrollo en Occidente. Barcelona: Ariel, 1970).
Servetek erreformatzaile gailenak gertutik ezagutu zituen: Melantchon, Lutero, Zwinglio eta Calvinorekin sutsuki eztabaidatu eta ez zuen inoiz arrazoiez apartekorik inolako inposaketarik onartu nahi izan. Okzitaniako Tolosan eta Parisen, Lyonen edota Basilean, orduko intelektualen antzera, hizkuntzak, matematikak, geografia, filosofia, teologia eta medikuntza ikasi zituen. Bere idazki ezagunenak Dialogarum de Trinitate, Syroporum universa ratio eta Christianismi Restitutio izan ziren. Liburu hau zela-eta erre zuten Suitzako Genevan 1553ko urriaren 27an. Servet, halere, ez da ezagutu behar honengatik soilik. Aitzitik, geografiaren metodologia didaktikoan ere ekarpenak egin zituen (Ptolomeoren Geografia osatu eta argitaratu zuen, baita etnografiaren lehenengo hastapenak ezarri). Askotan, Aragoikoa edo judua zela zabaldu arren.
Parisen zegoelarik(1548an), adibidez, honako izaeraz agertzen zen: Michel Villeneufe, docteur en médicine, natif de Tudella au royaume de Navarre, edota bere paperetan ut dicebat Navarrus argi utzirik. Lyonen, berriz, Michael Villanovus nortasuna erabili zuen etab... ezkutuan zebilen pentsalariak, beraz, beti nafartzat jo zuen bere burua eta, bere aburuengatik, hiltzen jakin izan zuen lehenengo intelektualetariko bat izan zen.