Llegaron al Peru con la expedición del primer virrey del Perú Blasco Núñez Vela. Juan de Garay era sobrino de P. O. de Zárate y llegaba al Perú a sus 15 años. El joven Garay, que sería el fundador del B. Aires definitivo, a sus 45 años aparece en las luchas de Charcas y Potosí con el grado de capitán. Contribuye a la fundación de Santa Cruz de la Sierra, hoy Bolivia. Sus siete años de alcalde constituyeron una buena experiencia en repoblación, mantenimiento de soldados y consolidación de la nueva colonia. Allí contrajo matrimonio con Isabel Becerra de Mendoza que había llegado de Asunción en el éxodo de 1565. Garay, que veía en Asunción la ciudad base, la que la historia llamaría madre de ciudades, en 1568 emprende la marcha sobre Asunción al mando de una tropa de cien soldados, capitaneando el regreso del éxodo paraguayo hacia el Perú a su propia tierra. Allí tuvo el cargo de alguacil mayor en 1572. En 1573 sale de Asunción al mando de un centenar de hombres, la mayoría mestizos. Con fecha 15 de noviembre de 1573 funda Santa Fé a orillas del Parané y el Saladillo. Asediado por los naturales le salvó la llegada del gobernador de Tucumán Luis Cabrera que pretendía posesionarse de la nueva ciudad.
Pero un indio afecto a Garay, llamado Yamandú llevó la nueva, la llegada de P. Ortíz de Zárate que volvía de España con las credenciales de su cargo, pero que se hallaba en la isla San Gabriel en mala situación, luchando con los charrúas. Ante esto, Cabrera retiró sus pretensiones. Garay volvió a Asunción y volvió a bajar en un bergantín con abastecimientos y demás auxilios para el adelantado P. O. de Zárate. Este hecho le valió el nombramiento de Justicia Mayor, teniente de gobernador y Capitán General de las provincias del Río de la Plata cuya capital era Asunción. P. O. de Zárate murió en 1576, dejando como gobernador a otro sobrino, Diego O. de Zárate Mendieta, que fue depuesto en 1577 acusado de tiranía y enviado a España, falleciendo en las costas del Brasil. En 1578 aparece Garay como gobernador conforme a un artículo de su tío, el adelantado P. O. de Zárate. Fue creencia general que después de D. M. de Irala no hubo gobernador más benemérito ni más acreedor al reconocimiento de las Prov. del R. de la Plata. Promulgó Ordenanzas sobre la cría de caballos y vacas. En 1579 funda las ciudades de Villa Rica del Espíritu Santo y Santiago de Jerez. Restablecida la tranquilidad en el Paraguay, P. Garay se prepara para el acontecimiento cumbre de su vida, la fundación definitiva de Buenos Aires.