Cambios y pérdidas en la Edad Moderna. Al acaecer la conquista de Navarra por Fernando el Católico (1512-1521) el monasterio y su entorno se convirtieron en una zona «caliente». Tomado varias veces por los castellanos que construyeron el fuerte del peñón (Château Pignon), fue, como priorato agramontés, centro de oposición de poca fiabilidad para los castellanos como atestigua un doc. de Gonzaga aportado por Idoate (1981): «Cuanto a los de Roncesvalles, me parece que no se perdería nada en quitar aquellos canónigos, poniendo en su lugar observantes de la regla de San Agustín y castellanos. Empero, nunca seré de opinión que, una casa de Nuestra Señora tan devota, por cuyo medio entiendo que se conserva en Navarra la Religión y aun en Vascos, se traslade en otra parte. Y así soy del parecer, que se echen los que hablan de los cuales pueden resultar daño y estén quedas las paredes, que son mudas, y no se mueva la imagen de Nuestra Señora, la cual, en aquel puesto ha hecho notables milagros». Por esas fechas (1518-1542) fue nombrado prior Francisco de Navarra, de notable familia agramontesa, bajo cuya dirección se efectuó en 1534 una concordia merced a la cual las rentas del monasterio se repartieron equitativamente entre el prior, el cabildo, la iglesia y el hospital. Otro agramontés notable procedente de este monasterio fue D. Martín de Azpilcueta, filósofo precursor de la moderna psicología. La partición del reino y el problema protestante trajeron como consecuencia no sólo una disminución del paso de peregrinos que ahora se veían enfrentados a una frontera sino también problemas con los diezmos. Una Bula obtenida por Felipe II en 1566 permitió segregar parte de Gipuzkoa y Alta Navarra del obispado de Bayona lo que puso en cuestión los diezmos que Roncesvalles percibía en Ultrapuertos. Y suscitó una polémica que duró hasta el s. XVIII.