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En fecha discutida por los autores, establecida por J. M. Lacatra y admitida por la historioriografía más rigurosa moderna en 1110, Alfonso I el Batallador, rey de Navarra y Aragón, otorga Fuero a Funes, Marcilla y Peñalén:

En 1160, Sancha de León, hija de Alfonso VII de Castilla y León, mujer de Sancho VI el Sabio de Navarra, funda en Marcilla un convento cisterciense de monjas bernardas, cuya donación se verá confirmada por el rey navarro en 1181. Posteriormente, Teobaldo II y Carlos el Malo confirmarían de nuevo sus privilegios. En el reinado de Carlos III, a instancias de Mosen Pierres de Peralta, el establecimiento cisterciense fue suprimido y anexionado a La Oliva.

Según reseña Altadill, Marcilla participó destacadamente en la batalla de Las Navas de Tolosa (1212). Las tropas de la villa llevaban a su cabeza al capitán Fermín de Marcilla, combatiendo al lado de Sancho el Fuerte, quien les otorgó el privilegio de llevar en sus armas las cadenas, pieza heráldica navarra que tiene su origen en la jornada de las Navas.

En 1429, Juan II de Navarra otorga el señorío de la villa de Marcilla a Mosen Pierres de Peralta, cabeza del marquesado de Falces.

En 1516, tras la conquista de Navarra por Fernando el Católico cuatro años antes, para frenar el intento de Juan de Albret de reconquistar el reino, el cardenal Cisneros, regente de Castilla, manda destruir todos los castillos y plazas fuertes de Navarra, a excepción de Iruña. La orden debería cumplirla el nuevo virrey, Antonio Manrique, duque de Nájera. La plaza de Marcilla por la decisión de Ana de Velasco, marquesa de Falces y señora de Marcilla, resistió eficazmente al asedio del coronel Villalva, quien mandaba la columna que recorrió Navarra en su labor de destrucción de las fortalezas.

Durante la guerra de Sucesión española Navarra se mantuvo fiel a Felipe V. Sin embargo las tropas del pretendiente archiduque Carlos ocuparon en el año 1710 parte del reino y Marcilla también se vio amenazada, según refiere Idoate en Rincones..., t. I, pág. 124. El 28 de septiembre del citado año Marcilla solicita socorro a la diputación, ante la proximidad de las fuerzas enemigas. A finales del mismo año el conde de Melún expulsa con sus tropas a las del pretendiente, quedando definitivamente Navarra a favor del rey Felipe V.

En virtud de lo decretado por las Cortes de Cádiz en el año 1811, respecto a la abolición de los "privilegios exclusivos, privativos y prohibitivos procedentes de señorío", en Marcilla se procedió en consecuencia en junio de 1820, según refiere Idoate en Rincones..., t. II, págs. 101 y 102. Se quitó del presbiterio de la iglesia parroquial una silla perteneciente a la marquesa de Falces y un banco para sus criados, ocupando desde entonces el lugar de preeminencia los miembros del ayuntamiento. Así mismo se procedió a demoler un pequeño fortín perteneciente a la citada marquesa. De todo ello dio parte el alcalde a la superioridad.

Villa de señorío de la merindad de Olite. Reino de Navarra.

• Sí al Estatuto Vasco Navarro.

El día 19-VI-1932 este ayuntamiento votó a favor del Estatuto Vasco Navarro, por medio de su representante D. Esteban Amatriain Buñuel.

Como consecuencia de la represión fueron asesinadas 39 personas de esta localidad: Dámaso Alonso Pavía, Daniel Antomas Osés, José Aparicio Capote, Pablo Bengoechea Garrido, Valentín Bolea Díaz, Justo Boneta Romero, Jesús Cambra Estarriaga, José Castillejo Pinillos, Lucio Cristóbal Bretos, Cecilio Charral Goñi, Jesús Díaz Lafraya, Pedro Díaz Ruiz, Bienvenido Elorz Arbizu, Enrique Fabo Briones, José Fabo Briones, Justino Fabo Lozano, Emilio Fernández Pardo, Eustaqui García Méndez, Marino García Méndez, Venancio García Sobejano, Manuel Gómez Pozo, Máximo Goñi Boneta, Julián Hernández Minguillón, Saturnino Hernández Suescun, Eugenio Inchausti Garrido, Marcelino Jiménez Navarro, Lucio Laparra Murugarren, Rufo Macua García, Cecilio Mañas Ratia, Leoncio Marín Malo, Pedro Marín Malo, Nicolasa Martínez Fernández, Valentín Nicolay Charral, Araceli Peña Malo, Timoteo Peña Nicolay, Pascual Pérez Láinez, Demetrio Suescun Suberbiola, José Villava García y tres valencianos. (Ref. ¡¡No, general!!, fueron mas de 3.000 los asesinados).

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