En la órbita de Roncesvalles. Entre los ss. IX y XI el monasterio de Leire tuvo posesiones en Luzaide. En 1271 éstas fueron vendidas a la colegiata de Roncesvalles; en 1406 la corona donó a su vez al priorato las propiedades que tenían en el territorio de Valcarlos. A mediados del s. XIV el obispado de Bayona adujo derechos sobre la iglesia de Valcarlos, que fueron denegados por la comisión arbitral nombrada al efecto. Estuvo no obstante bajo la órbita bayonesa hasta 1566, en que Pío V la adjudicó al obispado de Pamplona, segregándola del de Bayona a causa de la influencia calvinista en Baja Navarra. Con todo, las interferencias de la autoridad de Bayona y sus intentos de recuperar la influencia se prolongaron hasta principios del s. XX.