Consciente de su inferioridad militar, Lesparre dejó Viana el 19 de junio. Tras descender hacia la Ribera y remontar el río Arga, se hizo fuerte en el paso hacia Pamplona. Con el fin de encerrarse en la ciudad a la espera de un ejército de socorro, ordenó el reclutamiento de 4.000 navarros y el abastecimiento de la capital. Por su parte, las milicias navarras rechazaron los ataques contra Estella y Pamplona. El ejército español, que había cruzado el Ebro el 21 de junio, se dirigió hacia Pamplona por el bajo valle del Ega. Estella se rindió el día 28 de junio y dos días más tarde los españoles flanquearon las posiciones franco-navarras por el alto de Erreniega cortando a Lesparré la retirada hacia la capital. El general, sin esperar a los refuerzos navarros en camino, atacó a los españoles en Noáin (30 de junio de 1521) pero, muy inferior en tropas, fue derrotado y él mismo capturado. El resto del ejército franco-navarro se replegó hacia Baja Navarra, pero no pudo evitar que la vanguardia del ejército español dirigida por el Conde de Lerín tomara Saint-Jean-Pied-de-Port y destruyera esa fortaleza y la de El Peñón.
A finales de septiembre un ejército franco-navarro inició el contraataque. El nuevo virrey español, el Conde de Miranda, se hizo fuerte en Pamplona. Aunque Pedro de Navarra levantó los valles pirenaicos y el propio Enrique II acudió con sus tropas, la ofensiva se dirigió hacia Gipuzkoa, tomando las fortalezas de Amaiur, Irun Irantzu y finalmente Hondarribia (18 de octubre). La falta de dinero y las grandes lluvias pospusieron las operaciones militares hasta la primavera de 1522.
Tras establecer un mini-estado legitimista en la Navarra cantábrica y fracasar en las tomas de Orreaga-Roncesvalles, Doneztebe-Santesteban y San Marcial, los franco-navarros no pudieron impedir que el ejército hispano-beamontés tomara y destruyera el castillo de Amaiur (19 de julio de 1522). La subsiguiente represión política y el exilio o muerte de sus principales líderes -en especial, el Mariscal de Navarra- minaron al legitimismo navarro.
El 23 de agosto de 1523, los Estados de Navarra (en realidad, de la Baja Navarra) reunidos en Saint Palais juraron a Enrique II, quien poco después renovó su alianza con Francisco I. En la Alta Navarra las Cortes, ante los continuos contrafueros, se rebelaron contra los intentos del emperador de reforzar su poder. En octubre, Carlos V llegó a Pamplona para organizar la invasión de Francia y exigió a Enrique II paso libre por sus dominios. Tras la negativa del navarro, en noviembre de 1523, un ejército español culminó la ocupación de Baja Navarra y atacó Bearne.