Aprovechando el aislamiento internacional de los monarcas navarros, España consolidó su conquista mediante un ejército de ocupación, un nuevo sistema defensivo y la depuración de las instituciones navarras. Para el gobierno político-militar se designó a un virrey y para el judicial a un regente que presidiría un Real Consejo. Paralelamente, trató de atraerse a las élites navarras mediante el respeto a las instituciones, el premio a sus partidarios, el castigo de los disidentes y la promulgación de una amplia amnistía. No obstante, las Cortes navarras denunciaron repetidamente contrafueros, como la designación de extranjeros para los cargos del reino.