A finales de 1511, estalló la guerra entre Francia y la Santa Liga liderada por Fernando de Aragón. Los ejércitos español e inglés se disponían a invadir Guyena cuando el 17 de julio de 1512, los Reyes de Navarra, Juan III de Labrit (Albret) y Catalina I de Foix, firmaron una alianza defensiva con Francia que comprometía su neutralidad. Cuatro días más tarde un ejército español invadió Navarra desde Álava y, tras vencer débiles resistencias, llegó hasta Pamplona, que capituló el 25 de julio. A la espera de la ayuda francesa, los navarros trataron de resistir entorno a Lumbier, pero la aplastante superioridad militar les obligó a aceptar la Tregua de Pamplona (29 de julio) por la que Juan III debía abandonar Navarra y dejar temporalmente el reino en manos del rey de España.
En agosto y septiembre fueron capitulando las principales plazas de la Zona Media y un ejército aragonés sometió las de la Ribera Tudelana. En virtud de una bula papal que excomulgaba a los reyes de Navarra, Fernando de Aragón pasó a titularse Rey de Navarra. Paralelamente, el ejército español ocupó Baja Navarra, pero, abandonado por los ingleses, quedó en inferioridad ante el ejército franco-navarro. Éste inició a principios de octubre una contraofensiva apoyada por la sublevación interior, pero ésta sólo triunfó en Estella y algunos castillos de la Zona Media. Juan III penetró con sus tropas por el valle de Salazar mientras que otros dos cuerpos de ejército avanzaron por Baja Navarra y Gipuzkoa. Los españoles consiguieron refugiarse en Pamplona, ciudad a la que los franco-navarros impusieron un férreo sitio. El fracaso de los intentos de asalto, el desabastecimiento e indisciplina de las tropas y la amenaza del invierno y del ejército español de socorro obligaron a levantar el cerco (30 de noviembre) y a replegarse al norte de los Pirineos.
La tregua franco-española firmada a principios de 1513 impidió a Juan III proseguir la guerra. Una nueva bula papal confirmó su excomunión y la privación de sus estados. El 23 de marzo, tras comprometerse a respetar el estatus político del reino, Fernando de Aragón fue jurado como Rey por las Cortes de Navarra, integradas casi exclusivamente por beamonteses. En junio se completaba la conquista con la toma de Amaiur y el sometimiento de Baja Navarra.