Nafarroako Henrike II.a 1555ean hil zen, eta Joanak oinordekotzan hartu zituen Ultrapuertos, Zuberoa, Bearno, Labrit, Armagnac eta Foix nafar lurraldeak, besteak beste. 1549an, Bearno eta Nafarroan zituen lurrak bisitatu zituen lehenengo aldian, pozez hartu zuten herritarrek, eta aita hiltzean, Joana III.aren agindupean geratu ziren.
Joanak izugarrizko ahaleginak egin behar izan zituen erresuma mantentzeko, Frantziaren eta Espainiaren asmoen aurrean. 1560an, erregina erlijio katolikoari uko egin, eta kalbinismora aldatu zen. Horrela, inguruko erresumek erlijioaz baliatu ziren erresumako gaietan sudurra sartzeko. Horrez gain, erreginaren mendekoen artean haustura erlijiosoa gertatu zen, eta horrek agaramontarren eta beaumondarren oinordeko ziren nobleen bandoen arteko banaketa areagotu zuen.
1562an, Antonio Borboikoa errege-ezkontidea hil zen, eta urte horretan piztu zen lehenengo Erlijio Gerra Frantzian (1562-1563). Erreginak sinesmen kalbinistei eutsi zien, eta mendekoen artean doktrina berria zabaltzeko asmoz, Joannes Leizarragari Itun Berria euskaratzeko eskatu zion. 1571ean argitaratu zen La Rochellen, kalbinisten gotorleku garrantzitsu zena.
Garai hartan, katolikoak Labriteko Piarresen (Comminges-eko gotzaina) aldera hurbildu, eta Joanak beraren asmoak atzera bota zitzan ahalegindu ziren. Aitzitik, Labriteko Piarresek bazekien erreginak izaera irmoa zuela. Are gehiago, gainontzeko europar subiranoek beren lurraldeetan erlijio ofiziala finkatzen hasi ziren heinean, Joanak kalbinismoa ezarri zuen bere mendeko lurretan. Frantziako bigarren erlijio gerra berehala piztu zen (1567-1568), eta haren semeak, Henrikek, hirugarren gerran parte hartu zuen, higanoteen bandoan.
1572an, Joanak ezkontza hitzartu zuen bere semearen eta Valois-eko Margaritaren artean (Frantziako Karlos IX.aren arreba, "Margot erregina" izenez ezaguna). Joana Parisen hil zen urte hartako udan, eta haren semeak, Nafarroako Henrike III.ak, hartu zuen oinordetza. Amak ez bezala, erlijio kalbinistari uko egin zion, eta katoliko bihurtu zen Frantziako erresumaren tronua lortzeko, Henrike IV.a izenarekin gobernatuko zuena (1589-1610).