Frantzisko I.a Frantziako erregea eta Karlos V. enperadorea aurrez aurre zeuden, Europako hegemonia zela eta. Horrela, bakoitzak bere hautagaia aurkeztu zuen Joanarekin ezkontzeko, oraindik haur bat besterik ez zenean: Frantziako erregeak Guillaume Cleveseko dukearekin ezkondu nahi zuen, eta Karlos enperadoreak, berriz, Felipe printzearekin, Felipe II.a izango zenarekin. Joanaren gurasoek (Henrike eta Margarita) azkeneko hautagaiaren alde zeuden. Izan ere, Felipe goragoko maila batekoa zen, eta, gainera, ezkontza horren bidez, Nafarroako auziarekin amai zitekeen. Azkenean, Frantzisko I.ak Cleveseko dukearekin ezkontzea lortu zuen, eta ezkontza Joanak hamabi urte zituenean ospatu zen, idatzizko protesta egin bazuen ere.
Bestalde, Henrike II.ak bere alaba Feliperekin (Portugalgo Maria bere lehengusinaren alargun gelditu zena) ezkontzeko ahaleginekin jarraitu zuen. Asmoa are gehiago sendotu zen, 1545eko urriaren 12an Pablo III.a Aita Santuak Joanaren ezkontza baliogabetu zuenean. Karlos V. enperadorea ere ezkontza horren alde zegoen, uste baitzuen lagungarria izan zitekeela haren aitona Fernandok Nafarroa Gaztelari atxiki izanaren eztabaidarekin amaitzeko.
Frantzisko I.a 1547an hil zenean, Nafarroako erregeen eta enperadorearen arteko negoziazioei bidea ireki zitzaien; baina Frantziako monarkaren tronuaren oinordekoak (Henrike II.a) ere Joana ezkontzeko proiektuak zituen. Margarita eta Henrike harreman diplomatikoetan ibili baziren ere, ezin izan zuten saihestu Frantziako erregeak Joanari ezkongai berria ezartzea, eta, beraz, 1548an Borboiko Antoniorekin, Vendôme-ko dukearekin, ezkondu zen Moulinsen. Dukerriaz gain, senarrak Marle, La Fere eta Soissons konderriak eman zituen. Bi familien arteko ezkontzarekin, borbondarren zitori horiak Nafarroako armarrian sartu zituzten, eta horren bitartez, Frantziako armarrian ere erantsi ziren, eta, geroago, Espainiakoan.
1551n, izan zuten lehenengo semea, Henrike, bi urterekin hil zena. Bigarren haurdunaldian, Nafarroako Henrikek alabari umea Pauen izan zezala agindu zion, eta, 1553an, Henrike jaio zen, etorkizunean Nafarroako eta Frantziako erregea izango zena.