Eraikin barroko hau Espainiako beste lan jesuita batzuen eraiketa-eskema berberari lotu zaio, Palentziako Kaleko Andre Mariaren elizarenari kasu. Latindar gurutze-itxurako planta ohikoa agertzen du, bai eta tarte hirukoitzeko nabe kaperaduna, albo-besodun gurutzadura eta burualde poligonala ere. Gangen pisu eta presioari eusteko, zortzi pilare sendo dauzka, gurutzadurako lauak alakatuak izanik. Pilareon gainean ezarritako taulamendua gangen sistemarako abiapuntu eta sostengu-gunea dugu, puntu erdiko arkuez antolaturikoa. Nabeko tarte guztiak, ilargixkadun kanoi-itxurako gangen bidez estaltzen dira. Kupula beheititua da, lau petxina handiren gainean ezarrita. Egituraren erdiko puntuetan, kasetoiak agertzen dira. Gainontzeko beheko gainazal guztia luziturik ageri da. Nabarmentzekoak dira murru, ganga eta kupulen dekorazio eta apaindurarako baliatzen diren motibo begetal eta geometrikoak.
Kanpoko aldetik, eraikin barroko sendoa ikusten da, fase klasizistari dagokiona, harri landu zuriz egina. Fatxada nagusia hiru kale simetrikotan antolatzen da, Erromako Il Gesu elizaren itxura argiro oroitaraziz. Fatxadaren erdiko tartea handiagoa da tamainaz. Albokoekin hegats ahurren bidez lotzen da. Barrurako sarrera garaipen-arku handi baten bidez planteatzen da, gainazalen gainontzekoekiko aurreraturik. Puntu erdiko arku itzelak osatzen du, bi pare zutabe dorikoren artean. Egitura honen gainean taulamendua eta frontoia ageri dira, bertan idi-begi bat agertuz. Frontoitik, bost pinakulu hasten dira, zeinek bere bola herreratarra duela. Erdiko ardatzaren goragoko gorputzak leiho zuzena agertzen du, gainean frontoi erdizirkularra duena. Albo bietan, harrizko bi armarri daude, bat Domingo Gorgolla fundatzaileari eta bestea Borboi errege-erreginei eskainitakoak. Multzoaren erremate gisa, frontoi bat ageri da, sarreraren gainean kokatutakoaren berdina. Fatxadaren alboko gorputzak soil-soilak dira oso. Biotan bina bao adintelatu ageri dira, harri landuzko horman irekita. Erremate legez, bana pinakulu piramidal ditu, fatxada osoaren bertikaltasunari jarraiki. Kanpoan dituen bestelako elementuen artean, ezpataina edo kanpai-horma txiki bat gailentzen da, kanpaiak kokatzeko gune zuzen bi dituena. Ezpatainaren errematea frontoi zuzen bat da.
Parrokiaren barruko aldea bi eta hiru tartetako bao termal batzuen bidez argitzen da. Nabearen tarteetan eta gurutzaduraren besoetan daude kokatuta. Klaustro parrokialean kokatzen da Euskal Museoaren egoitza, lehengo Euskal Museo Arkeologiko, Etnografiko eta Historikoa. 1921.ean inauguratuta, Bizkaiko foru-diputazioarena da. Estilo barrokoduna, XVIII. mendekoa da, nahiz eta XX. mendea bitartean hainbat erreforma izan duen. San Andres ikastetxearen aretoetako bat izan zen, ordena jesuitarena, 1767. urtean egotzi zituzten arte. Eraikinak erruki-etxea ere hartu zuen, bai eta buztingintza-ola bat ere. Klaustroaren ordenatzeko lau horma-arte baliatzen dira, bost eta sei tartetako altuera hirukoitzekoak. Harri landuez eginda eta puntu-erdiko arkuen bitartez osatuta, pilareen gainean ezarri dira. Maila bakoitza, erlaitza molduradunak bereizten du. Dekorazio urriari esker, egitura soiltasun handikoa da. Klaustroaren kanpoko bistak, elizari atxiki zaiolarik, beronen tipologia formalarekin egiten du bat. Hiru altueratan antolatuta dago, harlandu akatsbakoaz. Beheko mailan, bi ate adintelatu daude. Hauen gainean, Gorgolla San Andres ikastetxearen fundatzailearen armarria dago. Alboetan, marko errektangeluar molduradun bi. Goiko altuera inposta lau batek bereizten du eta bi leiho zuzen txiki agertzen dira, erlaitza molduratu batez. Erremate gisa, bi pinakulu piramidal agertzen dira. Erregistro atzeraeman batean, puntu-erdiko arkuak ikusten dira, XX. mendean egindako handitzeari dagozkionak.
Parrokiaren barruko aldean, erretaula barrokoen bilduma nabarmena gordetzen da, bai eta Ibeniko lehengo elizatik eta Jesusen lagundiaren ikastetxeko elizatik ekarritako zenbait pieza ere. Erretaula nagusia, presbiterioaren aldean jarritakoa, XVIII. menderan hasierakoa da. Estilo barrokoduna, bankua, kale hirukoitzeko gorputza, zutabe salomoniko handien artekoa, eta atiko erdizirkularra bereizi ahal zaizkio. Gehiegizko polikromiaz hornituta, motibe begetalen bidez dago apainduta. Erdiko horma-hobian, San Joan bataiatzailearen irudi neoklasikoa dauka. Alboetan, bi mihise, San Paulorena eta San Pedrorena, XVIII. mendearen amaierakoak. Atikoan, San Frantzisko Borjakoaren taila eta Santo Domingo de Guzman eta San Agustinen mihiseak daude. San Rafael eta Bihotz Sakratuaren erretaulek tipologia formal bera partitzen dute. Ebanjelio eta epistolaren aldeetan daude kokatuta, hurrenez hurren. Estilo rokokodunak, banku bat, bi pare zutabe salomonikodun gorputz mistilineoa eta atiko erdizirkularra dituzte osagai. Gainazal osoa arrokaia eta girlanden motiboekin apaintzen da. Erdian, zein bere titularraren irudiak daukate.
San Joan ebanjelariaren, San Joseren, Karmengo andre mariaren eta San Luis Gonzagaren erretaulak ere morfologia berekoak dira. Hauen osagaiak dira bankua, zutabe salomonikodun kale hirukoitzeko gorputz bakarra eta atiko erdizirkularra. Erdian titularraren taila eta alboetan mihise-pinturak dituzte. Gurutze Santuaren erretaula ebanjelioaren aldean dago kokatuta. Ibeniko lehengo elizatik da ekarria. Tenplu honen izan duen ibilbide penitentzial historikoari dagokio. Gurutze Santuaren kofradia Bilbon sortu zen 1533.ean. Garai berekoa da Hiribilduko Kristoa, estilo romanistakoa, Juan Beaugrantek egina. Erretaula banku batean, lau kaletako gorputzean eta hiru kutxadun atikoan antolatzen da. Nabarmentzekoa da atikoan den Magdalenaren mihisea. Andre Mari nahigabetuaren erretaula bat datos Gurutze Santuaren tipologiarekin. Epistolaren eremuan kokatuta dagoelarik, titularraren XVIII. mendeko taila zinez interesgarria agertzen du. Raimundo Capuz eskultorearen eskua esleitu ohi zaio. Dekorazio-elementu interesgarri ere badira kupulako petxinetan kokatutako lau pinturak, santu jesuitei eskainitakoak.
Joan Santuen parrokia Bizkaiko hiriburuko tenpluetatik ezagunenetarikoa dugu. Oso-osorik zaharberritu zen 1983.eko uholdeen ostean. Jesuiten jatorriko multzoa izan delarik, eliza Bilboko elizbarrutiaren titularitatekoa da, klaustroa, esan bezala, Euskal Museoa, foru-erakundearena den bitartean.