Hidrografía. Está regado por los ríos Belabarze, Belagua y Uztárroz que al reunirse en el mismo pueblo forman el Ezka. Tras un recorrido de 33 kilómetros desemboca en el pantano de Yesa -río Aragón-, en Karrika, provincia de Zaragoza. La cuenca alta del Ezka abarca fundamentalmente los llanos de Belabarze con el río colector del mismo nombre que recoge la regata de Esandi, la de Retola, la que baja de Ezkaurre y los barrancos de Berroeta y Eizeluzea, ya cerca del núcleo urbano de Isaba. El llano de Belagua, con los aportes de Artaparreta, Dronda, Arrakogoiti y Lapatía. La rinconada de Maze aporta sus aguas a la altura de Onzibieta. El llano de Mintxate, con los riachuelos Roizu, Inzaga y Arakongatxa, que forman el Mintxate. Los pequeños arroyos de Laza y demás montes de Ustárroz con el Amuko forman el Uztarroz que en Isaba desemboca en el Ezka. Aguas abajo de Isaba, siempre en su término municipal, recibe al Beluzkarre, Kakueta y Txorrota. El macizo kárstico de Larra, 50 km2. de complicada y conflictiva hidrografía subterránea, vierte sus aguas, o la mayoría de ellas, hacia el Cantábrico, por Zuberoa y Bearn (Francia). Hasta la fecha se pueden incluir en la geografía izabarra parte de sus ríos como el San Martín, su afluente el Larumbe, cuenca alta del río San Jorge del que alguna de sus corrientes pasa a Zuberoa a través del macizo Lakora Larragorri. Algunos derrames del San Jorge parecen llegar al Rincón de Betitxoza -Belagua-. Pero la coloración efectuada por el espeleólogo navarro Isaac Santesteban, con fecha 23-7-1970, dio resultado positivo surgiendo en Lik, Zuberoa, a los siete días de efectuada.
Orografía. La villa de Isaba está asentada en el centro de un circo de elevados montes cubiertos de bosques y coronados por crestas rocosas: Oxanea y su cumbre de Ardiobidepikua que sobrepasa los 1.700 m.; Ezeiluzea y, rebasándolo, la crestería de Arrigorrieta, 1.758 m.; peña de Ezkaurre, cuya tercera cumbre alcanza 2.047 m.; Seisa, Ardibidegainea, Izalzu, Txorimila, Seisaderra y Kakueta o Santa Bárbara, de 1 .578, la cumbre más alta de Navarra y aun de Euskalerría; Iror Errege Maia o Mesa de los Tres Reyes, se sitúa también en el término municipal de Isaba con sus 2.434 m. Todos los montes del Pirineo roncalés que sobrepasan los dos mil metros se encuentran en la zona que bordea Aragón y Bearne desde Ezkaurre, 2.047 m., por Budoguía, Mesa de los Tres Reyes y Ukerdi, que los sobrepasan, hasta Arlas con 2.062. La zona de Larra contiene diversas cotas de más de 2.000 m. El macizo kárstico de Larra comprende 50 km.cuadrados. Allí se da la más alta densidad pluviométrica de Navarra, rebasando los 2.000 litros por metro cuadrado. La sima de San Martín, descubierta por G. Lépineux el año 1950, tiene su acceso en término de Isaba, a 1 .717 m., próxima a Ernaz. La vertical es de 321 m. Y el desnivel de 1.321 hasta la Sala la Verna. En estos 34 años los espeleólogos han explorado los ríos caudalosos de San Martín y San Jorge que vierten sus aguas en Zuberoa, al otro lado de la muga. Las cabeceras colectores de estos enormes caudales están enclavadas en terrenos de Isaba, Areta y parte de Ansó. Las últimas exploraciones han relegado a San Martín al tercer puesto mundial en profundidad, pasando la BU 56 al segundo con sus 1.338 m., año 1981.